Les centres d'évaluation relevant du ministère chargé de l'éducation et du ministère chargé de l'enseignement supérieur sont agréés par le recteur d'académie. Ceux relevant du ministère chargé de l'enseignement agricole sont agréés par le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt. Les services relevant du ministère chargé de la justice et des libertés sont agréés par le directeur interrégional de la protection judiciaire de la jeunesse. Les autres ministères agréent chacun leurs propres centres dans les conditions fixées par la convention passée avec le ministère chargé de l'éducation. Les autres centres publics et les centres privés ont la possibilité d'être agréés par le recteur d'académie sur demande de l'organisme dont ils dépendent.