Par arrêté du ministre de l'économie, des finances et de la relance et du ministre délégué auprès du ministre de l'économie, des finances et de la relance, chargé des comptes publics, en date du 12 mai 2021, le groupement d'intérêt public « La Grande Ecole du numérique » est soumis au contrôle économique et financier prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel près le ministère du travail, de l'emploi et de l'insertion et le ministère des solidarités et de la santé est désigné pour exercer ce contrôle.