Les déchets et sous-produits sont stockés, avant leur revalorisation ou leur élimination, dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution (prévention d'un lessivage par les eaux météoriques, d'une pollution des eaux superficielles et souterraines, des envols et des odeurs) pour les populations avoisinantes et l'environnement.
Les stockages temporaires, avant recyclage ou élimination des déchets spéciaux, sont réalisés sur des cuvettes de rétention étanches et protégés des eaux météoriques.
Le transport des déchets animaux et des sous-produits animaux non destinés à la consommation humaine doit être conforme à la réglementation sanitaire en vigueur.
Le transport de tous les autres déchets, résidus et sous-produits doit être assuré dans des véhicules étanches et dédiés.
Avant tout départ, les véhicules ayant circulé sur une zone souillée doivent faire l'objet d'un nettoyage adapté.

Les déchets qui ne peuvent pas être valorisés sont éliminés dans des installations réglementées à cet effet au titre du livre V du code de l'environnement dans des conditions permettant d'assurer la protection de l'environnement ; l'exploitant est en mesure d'en justifier l'élimination sur demande de l'inspection des installations classées. Il tient à la disposition de l'inspection des installations classées une caractérisation et une quantification de tous les déchets spéciaux générés par ses activités.
Tout brûlage de déchets à l'air libre est interdit.

L'arrêté d'autorisation fixe les conditions d'élimination des différents déchets produits par l'installation et en particulier les caractéristiques et les quantités maximales de déchets solides que l'exploitant est autorisé à stocker.