La subvention peut donner lieu, sur demande écrite du bénéficiaire adressée au préfet de département (DDAF ou DDEA), au versement de deux acomptes dans la limite de 80 % du montant de l'aide. Concernant la mécanisation en zone de montagne, le paiement donne lieu à versement unique.

Conformément au règlement (CE) n° 1975/2006, la direction départementale de l'agriculture et de la forêt (DDAF) ou la direction départementale de l'équipement et de l'agriculture (DDEA) peut être conduite à réaliser une visite sur place avant paiement du solde, afin de vérifier la conformité des investissements réalisés avec le projet pour lequel l'aide est octroyée.

Les paiements d'acompte et de solde s'effectuent sur justification de la réalisation des investissements par la production de factures acquittées ou de pièces comptables de valeur probante équivalente fournies par le bénéficiaire. La DDAF ou DDEA vérifie l'éligibilité des dépenses pour lesquelles le bénéficiaire demande le versement de l'aide. En cas de différence, les réductions prévues à l'article 31 du règlement (CE) n° 1975/2006 sont applicables.