Le secrétariat général comprend :
1° La mission du système d'agences ;
2° La mission des systèmes d'information ;
3° La mission de contrôle de gestion ;
4° La division du déploiement des politiques de santé, composée :
a) Du bureau de la programmation, de la synthèse et de l'évaluation ;
b) Du bureau de l'appui aux services déconcentrés et aux groupements régionaux de santé publique ;
c) De la mission des associations et de la représentation des usagers ;
d) De la mission des relations avec l'assurance maladie ;
5° La division des ressources et du contrôle interne, composée :
a) Du bureau des ressources humaines et de la vie au travail ;
b) Du bureau du budget, de la performance et du contrôle interne ;
c) Du secrétariat du comité médical supérieur ;
6° La division droits, éthique et appui juridique.