La sous-direction des comptabilités et de l'expertise financière dirige l'élaboration de la comptabilité générale et coordonne la mise en place de la comptabilité analytique du ministère. Elle exploite les restitutions de ces comptabilités. Elle réalise des études relatives à l'amélioration de la gestion des crédits du ministère et de l'analyse des coûts.
Elle est chargée du contrôle de gestion de la direction.
Elle participe à l'exercice de la tutelle, pour les aspects budgétaires et financiers, des établissements publics du ressort du ministère de la défense.
Elle analyse les budgets et comptabilités des comptes de commerce, étudie leur équilibre économique et participe à l'évolution de leurs règles de gestion.
Elle traite des questions fiscales et douanières ainsi que des questions financières relatives à la coopération internationale.