La direction des affaires financières comprend :

• la sous-direction des synthèses ;
• la sous-direction des dépenses ordinaires ;
• la sous-direction des dépenses en capital ;
• la sous-direction des comptabilités et de l'expertise financière ;
• la mission chargée de la réforme budgétaire ;
• l'observatoire économique de la défense ;
• la chancellerie.

Dans ses domaines de compétences, la direction des affaires financières est l'interlocuteur exclusif du ministère de la défense auprès du ministère chargé de l'économie et des finances, du ministère chargé du budget et, éventuellement, d'autres ministères.