Est désigné sous l'appellation site Natura 2000 « vallée de la Loire de Nantes aux Ponts-de-Cé et ses annexes » (zone spéciale de conservation FR 5200622) l'espace délimité sur la carte d'assemblage au 1/200 000 et les quatorze cartes au 1/25 000 ci-jointes, s'étendant :

- dans le département de la Loire-Atlantique, sur une partie du territoire des communes suivantes : Ancenis, Anetz, Basse-Goulaine, Carquefou, Le Cellier, La Chapelle-Basse-Mer, Couffé, Le Fresne-sur-Loire, Mauves-sur-Loire, Mésanger, Montrelais, Nantes, Oudon, La Roche-Blanche, Saint-Géréon, Saint-Herblon, Saint-Julien-de-Concelles, Saint-Sébastien-sur-Loire, Sainte-Luce-sur-Loire, Thouaré-sur-Loire, Varades ;
- dans le département de Maine-et-Loire, sur une partie du territoire des communes suivantes : Beaulieu-sur-Layon, Béhuard, Bouchemaine, Bouzillé, Chalonnes-sur-Loire, Champtoceaux, Champtocé-sur-Loire, Chanzeaux, Chaudefonds-sur-Layon, Denée, Drain, Faye-d'Anjou, Ingrandes, Liré, Le Marillais, LeMesnil-en-Vallée, Montjean-sur-Loire, Mozé-sur-Louet, Mûrs-Erigné, La Pommeraye, Ponts-de-Cé, Possonnière, Rablay-sur-Layon, Rochefort-sur-Loire, Saint-Aubin-de-Luigné, Saint-Augustin-des-Bois, Saint-Florent-le-Vieil, Saint-Georges-sur-Loire, Saint-Germain-des-Prés, Saint-Jean-de-la-Croix, Saint-Lambert-du-Lattay, Saint-Laurent-du-Mottay, Sainte-Gemmes-sur-Loire, Savennières, La Varenne.