Le préfet de région peut définir, par arrêté préfectoral, des priorités d'intervention qui tiennent compte des ressources budgétaires allouées au dispositif et des enjeux locaux économiques, environnementaux et sociaux.
Les priorités d'intervention sont fixées en cohérence avec celles retenues par les autres financeurs. Elles sont établies après concertation avec le préfet coordonnateur de massif, les autres financeurs et les organisations professionnelles agricoles représentatives.