Il est créé une commission de coordination par diplôme interuniversitaire de spécialisation, composée des enseignants coordonnateurs interrégionaux du diplôme d'études spécialisées de médecine ou de pharmacie correspondant au diplôme interuniversitaire de spécialisation. Cette commission s'adjoint un praticien hospitalier exerçant dans un hôpital non universitaire, responsable d'un service ou d'un laboratoire agréé pour le diplôme d'études spécialisées correspondant au diplôme interuniversitaire de spécialisation concerné.
Chaque commission choisit un président parmi ses membres.
Son siège est situé auprès de l'université de l'enseignant coordonnateur interrégional qui la préside.