Les modalités de présentation et d'arrêté des comptes de l'Institut d'émission des départements d'outre-mer sont identiques à celles fixées pour la Banque de France en application de l'article 33 de la loi du 4 août 1993 susmentionnée.
Le conseil de surveillance désigne deux commissaires aux comptes chargés de vérifier les comptes de l'institut. Ils sont convoqués à la réunion du conseil de surveillance qui approuve les comptes de l'exercice écoulé.
Les comptes de l'institut sont consolidés avec ceux de la Banque de France.