Le haut commissaire assure la direction scientifique et technique de l'établissement.

L'administrateur général, délégué du Gouvernement, est chargé de sa direction administrative et financière.

Le commissariat est représenté sur le plan national et dans les négociations internationales par le haut commissaire et l'administrateur général agissant conjointement ou séparément ; ceux-ci fixent ensemble les conditions des réalisations industrielles du commissariat ; ils sont les conseillers du Gouvernement pour toutes les questions relatives à l'énergie atomique.