3.1.2. Macro-algues (eaux côtières - façade Méditerranée)
3.1.2.1. Protocole d'échantillonnage pour la surveillance ponctuelle

Concerne les substrats durs en mésolittoral et limite supérieure de l'infralittoral.
Observations et relevés à partir d'un zodiac, positionné à 3 m du bord ; période d'observation mai-juin.
Méthode d'analyse
Géomorphologie et présence/absence et abondance des communautés littorales notées directement sur carte ou photos aériennes sur le linéaire côtier découpé en unités de 50 m de long.
Références
Laurence Miossec - Guide méthodologique des méthodes DCE en hydrobiologie littorale - CARLIT, macrophytes en lagunes et posidonies - Rapport AQUAREF 2014 - 13 p (sous presse) (nb de pages).
Thibaut T., Mannoni PA. 2007. Cartographie des paysages marins : encorbellements à Lithophyllum et faciès à cystoseires Site Natura 2000 FR 9301624 - Cap Lardier - Cap Taillat - Cap Camarat. Contrat GIS Posidonie & Observatoire Marin du Littoral des Maures, ECOMERS publ. Nice, 18 p.
Thibaut T., Mannoni P.A., Markovic L., Geoffroy K., Cottalorda J.M. 2008. Préfiguration du réseau macraolgues - Bassin Rhône Méditerranée Corse - Application de la directive Cadre Eau - Rapport d'état écologique des masses d'eau. Contrat Agence de l'Eau RMC - Unsa : 38 p + Atlas cartographique.
Thibaut T. et L. Markovic (2009). Préfiguration du réseau macroalgues - Bassin Rhône Méditerranée.
Corse - Application de la directive Cadre Eau -Rapport d'état écologique des masses d'eau - Ensemble du littoral rocheux continental français de Méditerranée. Contrat Agence de l'Eau Rhône Méditerranée Corse/Université de Nice - Sophia Antipolis, convention 2009 01 11, 31 pages.
Thibaut T., L. Markovic et A. Blanfune (2010). Préfiguration du réseau macroalgues - Bassin Rhône Méditerranée Corse - Application de la directive Cadre Eau -Rapport d'état écologique des masses d'eau - Littoral rocheux de la Corse. Contrat Agence de l'Eau Rhône Méditerranée Corse/Université de Nice - Sophia Antipolis, convention 2009 1431, 24 pages.
Thibaut T., L. Markovic et A. Blanfune (2011). Préfiguration du réseau macroalgues - Bassin Rhône Méditerranée Corse - Application de la directive Cadre Eau -Rapport d'état écologique des masses d'eau - Littoral rocheux de la Corse. Contrat Agence de l'Eau Rhône Méditerranée Corse/Université de Nice - Sophia Antipolis, convention 2011 011, 22 pages.

3.1.3. Macro-algues de type bloom à ulves (eaux côtières et de transition - façade Manche Atlantique)

Protocole d'échantillonnage
Données collectées sur photos aériennes prises lors de 3 survols annuels en mai, juillet et septembre en période de vive-eau (coefficient supérieur à 75) ; appareil de type CESSNA ; altitude du vol entre 1 500 et 4 000 pieds ; survols suivis de contrôle terrain si échouages détectables avec récolte d'algues.
Méthode d'analyse
Intégration et géo-référencement des photos aériennes dans un SIG, digitalisation des dépôts d'algues et estimation visuelle du pourcentage de couverture algale dans ces dépôts ; évaluation des surfaces potentiellement colonisables sur carte IGN (1/25000^e) et sur photos aériennes ; identification des espèces récoltées sous microscope.
Références
Laurence Miossec - Guide méthodologique des méthodes DCE en hydrobiologie littorale. Rapport AQUAREF 2013 - 32 p.

3.1.4. Macro-algues de substrat dur intertidal (eaux côtières - façade Manche Atlantique)

Protocole d'échantillonnage
Evaluation des surfaces couvertes et identification in situ d'espèces algales caractéristiques et opportunistes sur substrat rocheux de l'estran par coefficients de marée supérieurs à 95 entre mars et juillet ; l'analyse se fait dans 3×3 quadrats (n=9) positionnés de manière aléatoire dans chacune des ceintures identifiées de l'estran (2 ou 6 ceintures suivant les secteurs).
Méthode d'analyse
Déterminations algales à l'œil nu, sur sites (si problème, un échantillon est rapporté au laboratoire pour détermination sous loupe binoculaire) ; les superficies sont réalisées à l'oeil nu ou bien à l'aide d'un GPS et du logiciel ARGIS.
Références
Miossec L., Soudant D. et Le Stum M. - Consolidation et mise au point de méthodes de bio-indication et transfert aux opérateurs. Contributions Hydrobiologie en milieu marin, Rapport Aquaref, 2012.

3.1.5. Macro-algues de substrat dur subtidal (eaux côtières - façade Manche Atlantique)

Protocole d'échantillonnage
Identification qualitative et quantitative en plongée d'espèces algales structurantes caractéristiques et opportunistes et des invertébrés fixés, sur quadrats, dans l'infralittoral et le circalittoral côtier et à 3 profondeurs fixes entre mi-mars et mi-juillet.
Méthode d'analyse
Les déterminations algales se font à l'œil nu, sur sites (si problème, un échantillon est rapporté au laboratoire pour détermination sous microscope et loupe binoculaire) ; les comptages et mesures à différentes profondeurs (comprenant aussi les mesures des longueurs des stipes des laminaires pérennes du genre Laminaria et la surface moyenne des épibioses des stipes de L. hyperborea ; ainsi que la longueur totale des individus des fucales infralittorales Halidrys siliquosa et des genres Gongolaria et Ericaria (ex. Cystoseira) sont également réalisés principalement in situ et ex situ lorsque cette espèce est présente en forte densité. De plus, un échantillonnage de la faune de l'infralittoral supérieur et du circalittoral côtier est réalisé.
Références
Derrien-Courtel S. et Le Gal A. - Protocole de surveillance DCE pour l'élément de qualité « Macroalgues subtidales » - second cycle de suivi (DCE-2). Rapport du Museum national d'histoire naturelle, station de Biologie marine de Concarneau, 2022.
Le Gal A. et Derrien-Courtel S. Quality Index of Subtidal Macroalgae (QISubMac), a suitable tool for ecological quality status assessment under the scope of European Water Framework Directive. Ecological indicators, 2015.
Miossec L., Soudant D. et Le Stum M. - Consolidation et mise au point de méthodes de bio-indication et transfert aux opérateurs. Contributions Hydrobiologie en milieu marin, Rapport Aquaref, 2012.

3.1.6. Angiospermes (eaux côtières - façade Méditerranée)

Protocole d'échantillonnage par suivi via quadrats
Prélèvements et observations réalisées en plongée, de préférence en avril ; relevés de la profondeur de la limite inférieure et de l'état dynamique (échelle qualitative) de l'herbier à cette profondeur ; à 15m, relevé du nombre de faisceaux dans des quadrats (0,16 m² ; 20 quadrats) et prélèvements de faisceaux (n=20).
Méthode d'analyse
Biométrie des feuilles ; pesées des feuilles et des épibiontes des feuilles (poids sec).
Références
Laurence Miossec - Guide méthodologique des méthodes DCE en hydrobiologie littorale - CARLIT, macrophytes en lagunes et posidonies - Rapport AQUAREF 2014, 13 pages.
Gobert S., S. Sartoretto, V. Rico-Raimondino, B. Andral, A. Chery, P. Lejeune et P. Boissery. 2009. Assessment of the ecologicol status of Mediterranean French coastal waters as required by the Water Framework Directive using the Posidonia oceanica Rapid Easy Index : PREI. Marine Pollution Bulletin, 58, 1727 - 1733.
Sartoretto S. 2008. Soutien méthodologique à la mise en œuvre de la Directive Cadre Eau (item : herbier de posidonie) - Validation du protocole de calcul de l'EQR (District Rhône et côtiers méditerranéens). RST/DOP/LER-PAC/08-01, 40 pages.
Protocole d'échantillonnage par suivi via sonar
Acquisition et analyse de données sonar :
Le sonar est remorqué à une vitesse d'environ 5 nœuds et à une hauteur par rapport au fond comprise entre 3 et 10 mètres selon la fréquence (et donc la portée efficace maximale) choisie. Le levé s'effectue en bandes parallèles et dans l'axe des courbes bathymétriques de manière à travailler à une profondeur constante. Un recouvrement total des profils permet de réaliser une cartographie complète d'une zone. L'acquisition sonar latéral est particulièrement adaptée à la cartographie des zones de plaine, et en particulier des herbiers de Posidonie sur matte.
Exploitation des données sonar latéral :
L'exploitation des données acquises par le sonar latéral se fait à l'aide de d'un logiciel spécialisé (type SonarWiz) qui permet d'obtenir une mosaïque géoréférencée des bandes sonar. Cette mosaïque apparaît sous la forme d'une image en gradient de jaune, laissant apparaître les différents types de substrat (depuis les substrats denses, comme la roche, qui apparaissent en blanc aux substrats meubles, comme la vase, qui apparaissent en noir). L'interprétation des données sonar pour la pré-cartographie apporte de nombreuses informations mais soulève aussi quelques incertitudes. C'est pourquoi elle doit être couplée à une campagne de vérité terrain.
Protocole d'échantillonnage par suivi via « Transect plongeur audio ».
Acquisition et analyse de données de terrain
La technique du transect plongeur audio tracté permet la validation terrain de plusieurs milliers de points par un plongeur/biologiste le long de transects pouvant atteindre une vingtaine de kilomètre par jour d'acquisition. Le plongeur est tracté par le bateau à la bathymétrie voulue en fonction des zones à décrire. Il transmet ses observations en temps réel par audio communication (présence herbier, indice supposé de vitalité…) à l'opérateur qui peut suivre son parcours sur l'ordinateur relié au GPS. Il est équipé d'une planche de tractage qui lui permet de faire varier sa profondeur, d'un système de communication et d'un système de positionnement.
Positionnement des observations sous-marines :
En ce qui concerne les données acquises sous l'eau (transect plongeur audio, plongées ponctuelles), il convient d'utiliser un système de positionnement type USBL (le Micronav de Tritech) qui permet de disposer de la position GPS sous l'eau.
Les informations sont traitées au fur et à mesure de l'acquisition (gain de temps) et le nombre de points renseignés permet de réaliser des extrapolations plus justes.
Références
Impact des pressions anthropiques et de l'environnement sur les herbiers de Posidonia oceanica en Méditerranée française (Houngnandan, 2020).

3.1.7. Angiospermes (eaux côtières et de transition - façade Manche Atlantique)

L'indicateur DCE « Angiospermes » considère, à l'échelle d'une masse d'eau, conjointement les deux espèces Zostera marina et Zostera noltii et se calcule sur trois métriques : (i) la composition taxonomique basée sur la présence de Z. marina et/ou Z. noltii dans la masse d'eau, (ii) l'abondance basée sur la densité des pieds (Z. marina) ou le recouvrement des feuilles (Z. noltii), et (iii) l'extension de l'herbier basée sur l'évolution de la surface occupée par les espèces de zostère présentes dans la masse d'eau par rapport à l'extension maximale observée.
Dans tous les cas, l'indicateur est calculé en moyennant les EQR obtenus pour les trois métriques par station puis par masse d'eau. Les changements observés entre les conditions de référence et celles d'une année donnée sont ainsi transformés en Ecological Quality Ratio (EQR). L'indicateur final permet de qualifier le statut de qualité (mauvais, médiocre, moyen, bon, très bon) de la masse d'eau DCE côtière (MEC) ou de transition (MET) (Auby et al., 2010 ; Auby et al., 2018).
Composition taxonomique
Deux espèces de zostères sont prises en compte : la zostère naine, Zostera noltii (le plus souvent présente en position intertidale) et la zostère marine, Zostera marina (occupant majoritairement l'étage infralittoral y compris la frange émergée aux basses mers de vives eaux).
Abondance
Les valeurs d'abondance sont acquises selon le protocole de suivi stationnel des herbiers de zostères mis en œuvre tous les ans à l'échelle des masses d'eau (Auby et al., 2018 ; Rollet et Bernard, 2024). Cette métrique s'appuie sur des mesures de l'abondance des zostères, soit la densité des pieds pour Zostera marina, et le pourcentage de recouvrement des feuilles dans des quadrats pour Zostera noltei.
Protocole d'échantillonnage et d'analyse.
Zostera noltii
L'échantillonnage est réalisé entre août et septembre, période de biomasses maximales. Pour chaque station suivie, le relevé d'abondance des zostères se fait sur la base de l'évaluation du taux de recouvrement du sédiment par les feuilles par estimation visuelle couplée à une analyse numérique des photos de quadrats (30 par station) (Spitéri et al., 2022). Lorsque présentes, les macroalgues sont collectées pour évaluer leurs biomasses. Des prélèvements de sédiments sont fait pour mesurer la granulométrie et le taux de matière organique.
Zostera marina
L'échantillonnage est réalisé au printemps en Manche Atlantique et entre fin août et début septembre en Aquitaine. Pour chaque station suivie, 3 réplicats sont assurés. L'abondance est mesurée par le nombre de pieds de zostères compté in situ sur l'ensemble des quadrats. Des mesures biométriques sont faites (longueur et largeur de la feuille, longueur de la gaine, état de l'apex des feuilles) et la biomasse associée est évaluée par poids sec et cendre). Les épiphytes présents sont mesurés en poids sec. Le pourcentage de ‘wasting desease'est évalué. La présence de macroalgues est notée et la biomasse associée est mesurée. Des prélèvements de sédiments sont fait pour mesurer la granulométrie et le taux de matière organique.
Extension
Les valeurs d'extension sont acquises à l'issue de campagnes de cartographies des herbiers de zostères spécifiques. Dans le cadre de la DCE, les données surfaciques doivent être actualisées au minimum tous les 6 ans, soit une fois par plan de gestion.
Référentiels méthodologiques
Une attention toute particulière est apportée à l'usage de méthodes de prospection éprouvées et aisément reproductibles permettant le suivi comparatif à long terme, et de techniques homogènes de prospection et d'analyse de manière à permettre la comparaison pertinente entre les différents sites.
Plusieurs références techniques pour la réalisation des cartographies des habitats benthiques marins sont aujourd'hui disponibles. Le guide méthodologique ou « Cahier des charges pour la cartographie d'habitats des sites Natura 2000 littoraux » réalisé par l'Ifremer pour la DIREN Bretagne (Bajjouk, 2009), les recommandations méthodologiques spécifiques à la « Cartographie des herbiers de zostères » rédigées dans le cadre de la convention Ifremer-AQUAREF-AFB 2016-2018 (Bajjouk et al., 2019), et plus récemment, l'exercice d'inventaire des cartographies des herbiers de zostères existantes réalisé par l'Ifremer pour l'Agence de l'eau Loire-Bretagne (Campana et al., 2022) sont autant de références destinées aux gestionnaires et aux opérateurs en charge de l'actualisation des cartographies des herbiers de zostères et de l'évaluation de leur évolution spatio-temporelle.
Références
Auby I., Oger-Jeanneret H., Sauriau P.-G., Hily C., Barillé L. (2010) Angiospermes des côtes françaises Manche-Atlantique. Propositions pour un indicateur DCE et premières estimations de la qualité. Rapport Ifremer, Ifremer, Arcachon, 72 p.
Auby I., Oger-Jeanneret H., Gouillieux B., Grall J., Janson A.-L., Maguer M. , Rigouin L., Rollet C., Sauriau P.-G., Trut G. (2018) Protocoles de suivi stationnel des herbiers à zostères pour la Directive Cadre sur l'Eau (DCE). Zostera marina-Zostera noltei. Version 3. Rapport Ifremer/ODE/UL/LER/AR/18.017, 42 p. + annexes https://archimer.ifremer.fr/doc/00471/58250/
Bajjouk T. (2009). Soutien aux actions Natura2000 de la région Bretagne - Cahier des charges pour la cartographie d'habitats des sites Natura2000 littoraux : Guide méthodologique. Réf. RST/IFREMER/DYNECO/AG/09-01/TB/NATURA2000.107p + annexes.
https://www.natura2000.fr/sites/default/files/mer/NATURA_CDC_014_Adaptation_CDC_Sites_Littoraux_V1r1comp72dpi.pdf
Bajjouk T., Cordier C., Auby I., Liabot P.-O., Kerninon F., Le Bouffant N., Trut G., Oger-Jeanneret H. (2019). Cartographie des Herbiers de Zostères. Guide technique. Réf. Convention Ifremer‐AQUAREF Thème Formation et outils 2016‐2018. DYNECO/LEBCO/19-01/TB. 105 p. Ifremer. https://doi.org/10.13155/62528
Campana M. , Bizzozero L., Bajjouk T., Rollet C., Lissardy M. (2022). Directive Cadre sur l'Eau. Bassin Loire-Bretagne. Etude préliminaire pour la mise à jour des données surfaciques relatives aux herbiers de zostères. ODE/UL/LER/MPL/22.16 https://archimer.ifremer.fr/doc/00812/92418/98573.pdf → Voir Section 3 du rapport.
Rollet C. et Bernard G. Coordinateurs (2024). Classement des masses d'eau du littoral Manche-Atlantique sur la base de l'indicateur DCE « Angiospermes » (2018-2023). 82 p. Référence Archimer à paraître.
Spitéri M. , Rollet C., Auby I., 2022. Contribution à la consolidation du protocole DCE pour le suivi de l'état écologique des herbiers à Zostera noltei. Création de schémas de pourcentage de recouvrement comme aide à l'évaluation de l'abondance des plantes. Rapport AQUAREF 2022 - 20 p. + annexes. https://archimer.ifremer.fr/doc/00785/89711/

3.1.8. Macroalgues et angiospermes (eaux de transition - façade Méditerranée)

Protocole d'échantillonnage
Prélèvements et observations réalisées en surface ou en plongée suivant la profondeur, au printemps, avant les mortalités estivales ; la trajectoire des deux plongeurs se fait en cercle autour du bateau (surface environ 120 m²) ; relevés du taux de recouvrement végétal total, du taux de recouvrement relatif des espèces de référence et de la richesse spécifique ; relevé de la profondeur ; prélèvement de sédiment.
Métrique 1. Richesse spécifique - RS (nb espèces).
Métrique 2. Recouvrement par les espèces « de référence (*) » au sein de la végétation (ou recouvrement relatif) - RR (%).
Les métriques 1 et 2 renseignent sur la composition des macrophytes.

(*) Les espèces de référence sont les algues et angiospermes présents en conditions de référence et qui régressent avec l'eutrophisation : leur liste est indiquée ci-dessous (tableau 1).