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JORF n°0237 du 9 octobre 2025

Cet avis annule et remplace l'avis (NOR : TREL2201737V) ayant le même objet publié au Journal officiel du 11 mai 2022.
Pour l'application de l'arrêté du 25 janvier 2010 modifié établissant le programme de surveillance de l'état des eaux en application de l'article R. 212-22 du code de l'environnement, et conformément à ses articles 4 et 7 et son annexe IV, les méthodes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons à utiliser sont les suivantes :

  1. Pour les cours d'eau
    1.1. Eléments biologiques
    1.1.1. Phytoplancton
    1.1.1.1. Méthode ou principes applicables en métropole

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme XP T90-719 Septembre 2017 : Qualité de l'eau - échantillonnage du phytoplancton dans les eaux intérieures.

Méthodes ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF EN 1524 Décembre 2006 : Qualité de l'eau - Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode Utermöhl) ;
- l'application de cette norme doit être complétée par la mise en œuvre des prescriptions du mode opératoire détaillées dans le chapitre « 5 - analyse du phytoplancton » du protocole standardisé d'échantillonnage, de conservation, d'observation et de dénombrement du phytoplancton en plan d'eau pour la mise en œuvre de la DCE en plan d'eau (version 3.3.1) (cf. paragraphe 2.1.1).

1.1.1.2. Méthode ou principes applicables en Guyane

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme XP T90-719 Septembre 2017 : Qualité de l'eau - échantillonnage du phytoplancton dans les eaux intérieures.

Méthodes ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF EN 1524 Décembre 2006. Qualité de l'eau - Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode Utermöhl) ;
- l'application de cette norme doit être complétée par la mise en œuvre des prescriptions du mode opératoire détaillées dans le chapitre « 5 - analyse du phytoplancton » du protocole standardisé d'échantillonnage, de conservation, d'observation et de dénombrement du phytoplancton en plan d'eau pour la mise en œuvre de la DCE en plan d'eau (version 3.3.1) (cf. paragraphe 2.1.1).

1.1.2. Phytobenthos : diatomées
1.1.2.1. Méthodes ou principes applicables en métropole

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-354 Avril 2016 : Qualité de l'eau - échantillonnage, traitement et analyse de diatomées benthiques en cours d'eau et canaux.

1.1.2.2. Méthodes ou principes applicables en Guadeloupe et en Martinique

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice diatomique Antillais (IDA).

1.1.2.3. Méthodes ou principes applicables à La Réunion

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice diatomique Réunion (IDR).

1.1.2.4. Méthodes ou principes applicables à Mayotte

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - les indices diatomées Mayotte IDMsp/IDMtrai ;
- norme NF T90-354 Avril 2016 : Qualité de l'eau - échantillonnage, traitement et analyse de diatomées benthiques en cours d'eau et canaux ;
- compte-tenu des spécificités de l'environnement tropical insulaire et du peuplement diatomique de Mayotte, des adaptations du protocole d'échantillonnage sont nécessaires (nature du support, surface à échantillonner…).

1.1.2.5. Méthodes ou principes applicables en Guyane

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- François Delmas, Anne Eulin, David Carayon, Sébastien Boutry, Julian Frédérick, et al. Guide pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer : L'indice diatomique de Guyane Française (IDGF). INRAE ; OFB, Office Français de la Biodiversité ; Office de l'eau Guyane ; Hydreco ; Préfecture de région Guyane. 2023. hal-04422356 ;
- norme NF T90-354 Avril 2016 : Qualité de l'eau - échantillonnage, traitement et analyse de diatomées benthiques en cours d'eau et canaux ;
- compte-tenu des spécificités de l'environnement tropical insulaire et du peuplement diatomique de Guyane, des adaptations du protocole d'échantillonnage sont nécessaires (nature du support, surface à échantillonner…).

1.1.3. Macrophytes : angiospermes, bryophytes ptéridophytes et macro-algues

La définition du protocole est uniquement applicable en métropole. Cet élément de qualité biologique est jugé non pertinent pour les DOM.
Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-395 Octobre 2003 : Qualité de l'eau - détermination de l'indice biologique macrophytique en rivière (IBMR).

1.1.4. Faune benthique invertébrée
1.1.4.1. Méthodes ou principes applicables en métropole

Cas des cours d'eau peu profonds
Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme française : NF T90-333 Septembre 2016 : Qualité de l'eau - Prélèvement des macro-invertébrés aquatiques en rivières peu profondes ;
- guide d'application : FD T90-733 Août 2017 Qualité de l'eau - Guide d'application de la norme NF T90-333 : 2016 ;
- guide d'application FD T90-734 « Aide à l'application de la NF T90-333 : 2016 (Prélèvement des macro-invertébrés aquatiques en rivières peu profondes), dans le millésime de sa première parution.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-388 Décembre 2020 : Qualité de l'eau - Analyse d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau, canaux et plans d'eau ;
- guide d'application : GA T90-788 Mars 2015 : Qualité de l'eau - Guide d'application de la norme expérimentale XP T90-388 (traitement au laboratoire d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau) (dans l'attente de la version révisée de ce guide suite à l'homologation de la norme NF T90-388 : 2020).

Cas des cours d'eau profonds et canaux
Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme XP T90-337 Mars 2019 : Qualité de l'eau - Prélèvements des macro-invertébrés aquatiques en rivières profondes et canaux.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-388 Décembre 2020 : Qualité de l'eau - Analyse d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau, canaux et plans d'eau ;
- guide d'application : GA T90-788 Mars 2015 : Qualité de l'eau - Guide d'application de la norme expérimentale XP T90-388 (traitement au laboratoire d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau) (dans l'attente de la version révisée de ce guide suite à l'homologation de la norme XP T90-388 : 2020) ;
- norme NF T90-350 Mars 2004 : Qualité de l'eau - Détermination de l'indice biologique global normalisé (IBGN).

1.1.4.2. Méthodes ou principes applicables en Guadeloupe et en Martinique

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice biologique macro-invertébrés Antilles - (IBMA).

1.1.4.3. Méthodes ou principes applicables à La Réunion

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique de mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice Réunion macro-invertébrés - IRM (dès parution).

1.1.4.4. Méthodes ou principes applicables à Mayotte

Méthodes ou principes d'échantillonnage :

- Nathalie J Mary, Albin Meyer, Houviez Lucie, Gomez Livia, Usseglio-Polatera Philippe. Guide pour la mise en œuvre d'indices biologiques en Outre-Mer : L'indice invertébrés multimétrique I2M2-MAYOTTE. ETHYCO ; LIEC Université de Lorraine ; INRAE - EABX ; OFB, Office Français de la Biodiversité. 2023. hal-04369661 ;
- norme NF T90-333 Septembre 2016 : Qualité de l'eau - Prélèvement des macro-invertébrés aquatiques en rivières peu profondes ;
- protocole à adapter en fonction des spécificités de l'environnement étudié.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T 90-388 Décembre 2020 : Qualité de l'eau - Analyse d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau, canaux et plans d'eau ;
- protocole à adapter en fonction des spécificités des échantillons mahorais.

1.1.4.5. Méthodes ou principes applicables en Guyane

Méthode ou principe d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - Guyane-élément de qualité macroinvertébrés (dès parution).

1.1.5. Ichtyofaune (et macro-crustacés pour les DOM insulaires)
1.1.5.1. Méthodes ou principes applicables en métropole

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- partie échantillonnage de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier les chapitres 4, 6 et 7 de la norme.

Méthodes ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- niveau de détermination : espèce (réf. : Keith P., Persat H., Feunteun E., Allardi J. [coords], 2011. Les poissons d'eau douce de France. Biotope, Mèze ; Museum national d'histoire naturelle, Paris [collection Inventaires et biodiversité], 552 p.) ;
- biométrie - Partie analyse de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier le chapitre 8.1 de la norme ;
- norme NF T90-344 Juillet 2011 : Qualité de l'eau - Détermination de l'indice poisson rivière (IPR).

1.1.5.2. Méthodes ou principes applicables en Guadeloupe et Martinique

Dans l'attente de la finalisation du protocole de type « EPA » développé dans le cadre d'un projet de recherche, les protocoles d'échantillonnage et d'analyse compatibles DCE de métropole seront à adapter au mieux aux cas antillais.
Méthode ou principes d'échantillonnage recommandés :

- partie échantillonnage de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier les chapitres 4, 6 et 7 de la norme.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- biométrie - Partie analyse de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier le chapitre 8.1 de la norme.

1.1.5.3. Méthodes ou principes applicables à La Réunion

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice Réunion poissons - IRP (dès parution).

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- Keith, P., G. Marquet, P. Valade, P. Bosc, and E. Vigneux. 2006. Atlas des poissons et des crustacés d'eau douce des Comores, Mascareignes et Seychelles, Muséum national d'histoire naturelle, Paris, Collection Patrimoines Naturels, 65 p.

1.1.5.4. Méthodes ou principes applicables à Mayotte

Dans l'attente de la définition d'un indice de bioindication de la qualité de l'eau propre aux cours d'eau mahorais à partir des poissons, les protocoles d'échantillonnage et d'analyse compatibles DCE de métropole seront à adapter au mieux au cas mahorais.
Méthode ou principes d'échantillonnage :

- partie échantillonnage de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier les chapitres 4, 6 et 7 de la norme.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- biométrie - Partie analyse de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier le chapitre 8.1 de la norme ;
- niveau de détermination : espèce (réf. : Keith P., Marquet G., Valade P., Bosc P., Vigneux E. 2006. Atlas des poissons et des crustacés d'eau douce des Comores, Mascareignes et Seychelles. Muséum national d'histoire naturelle, Paris. Patrimoines naturels, 250 p.).

1.1.5.6. Méthodes ou principes applicables en Guyane (poissons uniquement)

Guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice poissons Guyane global - IPG-global (dès parution).
Niveau de détermination : espèce (réf. : Planquette, P., Keith, P., Le Bail, P.Y. - 1996 - Atlas des poissons d'eau douce de Guyane. Tome 1. Collection du patrimoine naturelle, Paris, 429p./Keith, P., Le Bail, P.Y., Planquette, P. - 2000 - Atlas des poissons d'eau douce de Guyane. Tome 2. Fascicule 1. Collection du patrimoine naturelle, Paris, 286p./Le Bail, P.Y., Keith, P., Planquette, P. - 2000 - Atlas des poissons d'eau douce de Guyane. Tome 2. Fascicule 2. Collection du patrimoine naturelle, Paris, 307 p.)

1.2. Eléments physico-chimiques et chimiques

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :
Pour tous les paramètres, conformément au guide pour la demande de prestation d'échantillonnage et d'analyse physico-chimique dans le cadre de la surveillance DCE publié par le ministère de la Transition écologique et solidaire, dans sa version la plus récente.
En cas d'absence d'information sur une matrice ou des paramètres donnés, la réalisation des mesures (échantillonnage, traitement des échantillons, transport et analyse) s'appuiera, dans la mesure du possible, sur le guide des recommandations techniques d'Aquaref dans sa version la plus récente.

1.3. Eléments hydromorphologiques
1.3.1. Régime hydrologique

La surveillance peut être initiée en s'appuyant sur le référentiel de mesure des débits suivants :

- réseau de mesures national HYDRO ; ministère de l'environnement, de l'énergie et de la mer, 2017. Charte qualité de l'hydrométrie - Guide des bonnes pratiques. France, 83 p. ( https://www.eaufrance.fr/sites/default/files/documents/pdf/Schapi_Charte_hydro_P01-84_BasseDefinition_5Mo_.pdf.)

D'autres outils peuvent permettre de comprendre les régimes hydrologiques non influencés de certains sites où il n'existe pas de mesures :

- reconstitution des chroniques hydrologiques journalières - Méthode de simulation de débits en site non jaugé développée par l'Irstea ( http://carmen.carmencarto.fr/66/AFB_Reconstitution-chroniques-hydrologiques.map) et fichier d'avertissement sur les limites des reconstitutions à lire avant utilisation.

Des mises à jour régulières de la plateforme sont envisagées afin d'y intégrer les données les plus récentes.

1.3.2. Continuité de la rivière

La surveillance peut être initiée en s'appuyant sur l'exploitation du Référentiel des obstacles à l'écoulement (ROE) et la méthode de recueils d'Informations sur la continuité écologique (ICE), laquelle portent sur l'évaluation des continuités pour l'ichtyofaune et la carcinofaune à la montaison au niveau de chaque obstacle.
Le ROE permet de recenser les ouvrages faisant obstacles à l'écoulement des eaux et de calculer des indicateurs de pression liés à ces aménagements, notamment dans le cadre du dispositif PRHYMO (Plateforme Pressions et Risques d'impacts HYdroMOrphologiques).
La méthode ICE et ses déclinaisons par grand territoire (Hexagone, Guadeloupe, Guyane, La Réunion, Martinique, Mayotte) permettent d'évaluer les problématiques de montaison de l'ichtyofaune et de la carcinofaune par groupe d'espèces, et au niveau de chaque obstacle, suivant des classes de franchissabilité comprises entre 0 et 1. S'agissant de la dévalaison, au regard de la complexité des mécanismes biologiques et de la nécessité de disposer d'une bonne connaissance de l'hydrologie du cours d'eau, aucune méthode d'évaluation par un indicateur n'existe. ICE se propose toutefois de recueillir les éléments caractéristiques de l'ouvrage, indispensables à la consolidation de l'expertise pour l'appréhension de ces impacts.
Guides de référence :
Pour le Référentiel des Obstacles à l'Ecoulement (ROE)

- Sandre (2012). Présentation générale des données : Obstacles à l'écoulement (version 1.1). Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau, ministère de l'environnement. 80 pages ;
- Sandre (2014). Dictionnaire de données : Description des ouvrages faisant obstacle à l'écoulement (version : 1.2). Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau, ministère de l'environnement. 80 pages ;
- Sandre (2014). Scénario d'échanges de données géographiques : Diffusion du référentiel des obstacles à l'écoulement aux formats géographiques (version : 1.0). Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau, ministère de l'environnement. 34 pages.

Pour la méthode de recueil d'Informations sur la Continuité Ecologique (ICE)

- Baudoin J.M., Burgun V., Chanseau M. , Larinier M. , Ovidio M. , Sremski W., Steinbach P., Voegtlé B., 2014. Évaluer le franchissement des obstacles par les poissons. Principes et méthodes. Onema. 200 pages ;
- Burgun V., Chanseau M. , Kreutzenberger K. (Coord.), Marty V., Pénil C., Tual M. , Voegtlé B., 2015. ICE. Informations sur la continuité écologique. Protocole de terrain pour l'acquisition des données. Onema. Collection Guides et Protocoles, 84 pages ;
- Kreutzenberger K., Sagnes P., Valade P. et Voegtlé B., 2019. Evaluer le franchissement des obstacles par les poissons et les macro-crustacés dans les départements insulaires ultramarins. Principes et méthode. Agence française pour la biodiversité. Collection Comprendre pour agir. 176 pages ;
- Kreutzenberger K., Voegtlé B., Le Bail P-Y., Valade P., Sagnes P., 2026. Evaluer le franchissement des obstacles par les poissons et les macro-crustacés en Guyane. Principes et méthode. Office français de la biodiversité. Collection Comprendre pour agir. A paraître ;
- page d'accès libre aux ressources des programmes ROE et ICE : https://professionnels.ofb.fr/fr/node/387 ;
- page d'accès libre aux données validées du programme ROE : https://www.sandre.eaufrance.fr/atlas/srv/fre/catalog.search#/metadata/59057026-b40c-4cf9-9e3e-7296e0aa1a78 ;
- page d'accès restreinte au Géoréférenceur des ouvrages faisant obstacles à l'écoulement (GEOBS), renseignant les données brutes des programmes ROE et ICE : https://geobs.eaufrance.fr/

Pour la Plateforme Pressions et Risques d'impacts HYdroMOrphologiques (PRHYMO)
Rapport méthodologique
Grosprêtre L., Kreutzenberger K., 2024. Plateforme Pressions et Risques d'impacts HYdroMOrphologiques (PRHYMO) : rapport méthodologique. Dynamique hydro et Office français de la biodiversité, juin 2024.
Jeu de données
Grosprêtre L., Despres D., Ribot N., Valette L., Piffady J., Kreutzenberger K., 2024. Plateforme Pressions et Risques d'impacts HYdroMOrphologiques (PRHYMO) : données et résultats. Version 062024.1.2, juin 2024. Office français de la biodiversité - Dynamique hydro - Neogeo Technologies - Geospatial Solutions - Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement.

1.3.3. Conditions morphologiques

La méthode de Caractérisation de l'hydromorphologie des cours d'eau (CARHYCE) est mise en œuvre. Elle permet, par des mesures standardisées sur les cours d'eau, de reconstituer leurs morphologies, de calculer les paramètres de géométrie au jour d'acquisition et à plein bord mais aussi les paramètres relatifs à leur dynamique et à la diversité des formes du lit, ainsi que de caractériser les sédiments ou encore la ripisylve. Le traitement des données collectées par le protocole de terrain éponyme permet une estimation du niveau d'altération des paramètres de fonctionnement du cours d'eau au travers de différents indicateurs (IMG, IHC, indicateurs plus contextuels sur la structure de la ripisylve ou sur la composition des sédiments, etc.) (voir documents de référence ci-après).
Le déploiement du programme CARHYCE se fait essentiellement sur les cours d'eau prospectables à pied. Ce programme bénéficie depuis 2023 d'une extension en recherche et développement visant à produire d'ici 2027 une couverture élargie par la télédétection au maximum de linéaires hydrographiques pourvus d'une station DCE (programme TELHYMOC : Télédétection et automatisation de la surveillance et de l'évaluation hydromorphologiques DCE en association du référentiel d'analyse diagnostic CARHYCE ; OFB/CNRS (LGP-LADYSS)/Universités Paris 1 Panthéon-Sorbonne et Paris-Est Créteil).
En complément de CARHYCE, pour les stations du réseau de contrôle opérationnel, le protocole d'Audit rapide de l'hydromorphologie des cours d'eau (AURAH-CE) peut être mis en œuvre, afin d'affiner le diagnostic (voir annexe X de l'arrêté du 25 janvier 2010 modifié établissant le programme de surveillance de l'état des eaux). L'objet de ce protocole est de relever, de façon homogène, les pressions/altérations qui ne peuvent pas être détectées par l'analyse des grandes bases de données géographiques nationales (e.g., travaux de recalibrage ou de curage du lit mineur, présence de digues dans le lit majeur, présence de protections de berges, modification des successions naturelles de faciès d'écoulement, colmatage minéral du fond du lit, incision du lit mineur, etc.). Le protocole est basé sur une prospection des stations à pied, il est donc conseillé de ne pas l'appliquer sur les rivières trop larges/profondes. L'échantillonnage doit se limiter aux cours d'eau de rang de Strahler 4 ou inférieur. Même au sein de ces rivières, le jugement du caractère prospectable ou non de la station est laissé aux opérateurs de terrain, notamment en fonction des conditions hydrologiques. Il n'est pas envisageable de prospecter l'intégralité des cours d'eau du territoire national à pied. La démarche AURAH-CE repose donc sur un échantillonnage de stations aléatoirement réparties sur le linéaire de masses d'eau. Les pressions/altérations recueillies peuvent ensuite être extrapolées régionalement en fonction du contexte naturel (Hydroécorégion, type de cours d'eau) et anthropique (occupation du sol par exemple).
Guides et rapports de référence :
Pour la méthode de caractérisation de l'hydromorphologie des cours d'eau (CARHYCE)

- Baudoin J-M., Boutet-Berry L., Cagnant M., Gob F., Kreutzenberger K. (Coord.), Lamand J-M., Malavoi J-R., Marmonier P., Pénil C., Rivière C., Sadot M. , Tamisier V., Tual M. , 2017. Carhyce. Protocole de recueil de données hydromorphologiques à l'échelle de la station sur les cours d'eau prospectables à pied. Agence française pour la biodiversité, 52 pages ;
- Gob F., Bilodeau C., Thommeret N., Belliard J., Albert M-B., Tamisier V., Baudoin J-M., Kreutzenberger K., 2014. « Un outil de caractérisation hydromorphologique des cours d'eau pour l'application de la DCE en France (CARHYCE) », Géomorphologie : relief, processus, environnement, vol. 20 - n° 1 | 2014, 57-72 ;
- Gob F., Bilodeau C., Thommeret N., Tamisier V., Belliard J., Albert M. -B., 2015. Vers la construction d'indicateurs hydromorphologiques soutenant la biologie à partir de la base de données nationale CARHYCE. Rapport scientifique CNRS (LGP-LADYSS)/Université de Paris Panthéon-Sorbonne/ESGT/Irstea/AFB, 71 p ;
- Gob F., Thommeret N., Bilodeau C., Fraudin C. et Kreutzenberger K., 2021. Carhyce : Consolidation scientifique des connaissances et des modèles d'évaluation pour la caractérisation hydromorphologique des cours d'eau de métropole et d'Outre-mer. Rapport scientifique CNRS (LGP-LADYSS)/Université Paris 1 Panthéon Sorbonne/ESGT/OFB, 75 pages + annexes ;
- Gob F., Thommeret N., Guéguen J., Bilodeau C., Hamadouche P., Rivière R., Kreutzenberger K., 2025. Indicateur hydromorphologique résultant de la méthode Carhyce ou IHC : pour l'évaluation intégratrice et multiparamètres du fonctionnement physique des cours d'eau. Rapport scientifique et technique final, OFB/CNRS (LGP-LADYSS)/Universités Paris 1 Panthéon-Sorbonne et Paris-Est Créteil. A paraitre ;
- Sandre (2017). Processus d'acquisition des données hydromorphologiques des cours d'eau (version 1.0). Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau, Ministère de l'environnement. 47 pages ;
- Tamisier V., Gob F., Bilodeau C. et Thommeret N., 2017. Caractérisation hydromorphologique des cours d'eau français (Carhyce). Valorisation des données Carhyce pour la construction d'un outil d'aide à la gestion des cours d'eau. Rapport scientifique CNRS (LGP-LADYSS)/Université de Paris Panthéon-Sorbonne/ESGT/AFB, 142 p. ;
- Tamisier V., Raufaste S., Gob F., Thommeret N. et Bilodeau C., 2017. Caractérisation hydromorphologique des cours d'eau français d'outremer (Carhyce). Spécificités, modalités d'application et valorisation des données Carhyce pour la construction d'un outil d'aide à la gestion des cours d'eau. Rapport scientifique CNRS (LGP-LADYSS)/Université de Paris Panthéon-Sorbonne/ESGT/AFB, 128 p. ;
- page d'accès libre aux ressources du programme CARHYCE : https://professionnels.ofb.fr/fr/node/386 ;
- page d'accès restreinte aux données brutes du programme CARHYCE : https://carhyce.eaufrance.fr/ ;
- page d'accès libre à l'Interface d'exploitation des données CARHYCE (IED CARHYCE) : https://analytics.huma-num.fr/ied_carhyce/

Pour le protocole d'Audit rapide de l'hydromorphologie des cours d'eau (AURAH-CE)

- ONEMA 2013. Protocole d'audit rapide de l'hydromorphologie des cours d'eau (AURAH-CE). Guide, 46 p.

  1. Pour les plans d'eau
    2.1. Eléments biologiques
    2.1.1. Phytoplancton

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme XP T90-719 Septembre 2017 : Qualité de l'eau - échantillonnage du phytoplancton dans les eaux intérieures.

Méthode ou principe de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF EN 1524 Décembre 2006. Qualité de l'eau - Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode Utermöhl) ;
- protocole standardisé d'échantillonnage, de conservation, d'observation et de dénombrement du phytoplancton en plan d'eau pour la mise en œuvre de la DCE en plan d'eau (version 3.3.1).

2.1.2. Macrophytes (angiospermes, macro-algues, bryophytes)

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme NF T90-328 Avril 2022 : Qualité de l'eau - Echantillonnage des communautés de macrophytes en plans d'eau ;
- guide d'application : FD T90-728 Septembre 2024 - Aide à l'application de la norme NF T90-328.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-328 Avril 2022 : Qualité de l'eau - Echantillonnage des communautés de macrophytes en plans d'eau ;
- guide d'application : FD T90-728 Septembre 2024 - Aide à l'application de la norme NF T90-328.

2.1.3. Faune benthique invertébrée

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- Dedieu, N. & Verneaux, V. Indice Macroinvertébrés Lacustres (IML) - Guide technique - Notice d'application et de calcul - avril 2022 ;
- Dedieu, N. & Verneaux, V. Indice Macroinvertébrés Lacustres (IML) - Guide technique - Notice d'application et de calcul et annexes - avril 2022.

2.1.4. Ichtyofaune

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme NF EN 14757 Juillet 2015. Qualité de l'eau - échantillonnage des poissons à l'aide de filets maillants.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF EN 14757 Juillet 2015. Qualité de l'eau - échantillonnage des poissons à l'aide de filets maillants.

2.1.5. Diatomées

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- INRAE, 2023. Echantillonnage des communautés de phytobenthos en plan d'eau, 7 p.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-354 Avril 2016 : Qualité de l'eau - échantillonnage, traitement et analyse de diatomées benthiques en cours d'eau et canaux.

2.1.6. Cas des outre-mer

En outre-mer, à ce stade des connaissances, seule la méthodologie d'échantillonnage du phytoplancton est transposable. La fréquence de suivi préconisée dans la méthodologie reste à consolider. La pertinence des autres éléments de qualité biologique et de leurs protocoles d'échantillonnage devra être précisée. L'OFB proposera (en lien avec le pôle recherche et développement Écosystèmes lacustres (Écla) OFB-INRAE-Université Savoie-Mont-Blanc) une méthodologie d'acquisition de données afin de pouvoir qualifier le bon état ou le bon potentiel à dire d'expert.

2.2. Eléments physico-chimiques et chimiques

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :
Pour tous les paramètres, conformément au guide pour la demande de prestation d'échantillonnage et d'analyse physico-chimique dans le cadre de la surveillance DCE publié par le ministère de la Transition écologique, dans sa version la plus récente.
En cas d'absence d'information sur une matrice ou des paramètres donnés, la réalisation des mesures (échantillonnage, traitement des échantillons, transport et analyse) s'appuiera, dans la mesure du possible, sur le guide des recommandations techniques d'Aquaref dans sa version la plus récente.

2.3. Eléments hydromorphologiques
2.3.1. Régime hydrologique

A ce jour, il n'existe pas de méthodes standardisées pour la surveillance des paramètres hydrologiques des plans d'eau. Ces données sont globalement déficitaires, ce qui engendre une surveillance et une évaluation incomplète des paramètres hydromorphologiques. Pour les écosystèmes dotés d'une gestion hydraulique contrôlée, il est a minima nécessaire de rechercher les chroniques disponibles (sur le plan de gestion considéré) auprès des gestionnaires locaux, en particulier pour :

- le suivi des variations de niveaux d'eau (amplitude et dynamique du marnage) ;
- le suivi des débits entrants et sortants (si dispositif de suivi existant).

Les données disponibles doivent être transmises sous format numérique au pôle recherche et développement Écosystèmes lacustres (Écla) OFB-INRAE-Université Savoie-Mont Blanc pour être bancarisées dans la base nationale plans d'eau.

2.3.2. Conditions morphologiques

Les protocoles développés et standardisés, à utiliser pour recueillir les données des réseaux de contrôle concernant les conditions morphologiques des plans d'eau sont listés ci-dessous. Ces méthodes sont applicables aux DOM.
ALBER = Protocole de terrain consacré à la caractérisation des altérations des berges des plans d'eau.
Norme NF T90-714 Août 2023 : Qualité de l'eau - Qualité des milieux - Caractérisation des altérations des berges de plans d'eau.
Guides de référence :
Reynaud et al., 2020. Protocole de recueil de données hydromorphologiques en plan d'eau. Rapport du pôle OFB-INRAE, 42 p. (ou toute version plus récente de ce guide).
CHARLI = Protocole de terrain consacré à la caractérisation des habitats des rives et du littoral des plans d'eau.
Norme NF T90-718 Août 2023 Qualité de l'eau - Qualité des milieux - Caractérisation des habitats des rives et du littoral des plans d'eau.
Guides de référence :
Reynaud et al., 2020. Protocole de recueil de données hydromorphologiques en plan d'eau. Rapport du pôle OFB-INRAE, 42 p. (ou toute version plus récente de ce guide).
BATHYMETRIE = Protocole de terrain d'analyse bathymétrique de la forme et des variations de profondeur du plan d'eau. La bathymétrie constitue une donnée initiale et doit être réactualisée dès lors que l'on se trouve dans des systèmes très évolutifs (facteurs naturels ou anthropiques). Cette caractéristique sera appréciée à dire d'expert par les directions régionales de l'OFB.
Guide de référence :
Alleaume et al., 2010. Bathymétrie des plans d'eau. Protocole d'échantillonnage et descripteurs morphométriques. Rapport du pôle ONEMA/CEMAGREF, 24 p.
SEDIMENTS = Protocole de terrain de caractérisation des sédiments des fonds lacustres par hydroacoustique. Le type et la répartition du substrat des fonds lacustres constituent une donnée qui pourra être initiée puis réactualisée dès lors que l'on se trouve dans des systèmes très évolutifs (facteurs naturels ou anthropiques générant une accélération des dépôts sédimentaires et le vieillissement prématuré des plans d'eau : apports de fines, eutrophisation, etc.). Cette caractéristique sera appréciée à dire d'expert par les directions régionales de l'OFB. Les relevés peuvent être réalisés de manière simultanée avec le protocole de relevé bathymétrique, dès lors que le matériel le permet.
Guides de référence :
Mouget et al., 2018. Caractérisation des fonds lacustres par hydroacoustique : Une nouvelle méthode opérationnelle pour la surveillance environnementale. Cahier des techniques de l'INRA, 92, 1-10.
Mouget et al., 2017. Protocole d'utilisation du système RoxAnn© pour la classification des fonds lacustres. Rapport INRA/Pôle AFB-Irstea, 49 p.

  1. Pour les eaux littorales (1)
    3.1. Eléments biologiques
    3.1.1. Phytoplancton

Protocole d'échantillonnage
Localisation du prélèvement : le prélèvement est effectué en sub-surface (0-1m) et :

- pour les eaux côtières de Manche et d'Atlantique, de préférence en dehors de la zone estran, à pleine mer plus ou moins deux heures ;
- pour les eaux côtières de Méditerranée, de préférence dans la matinée ou en milieu de journée, et hors influence directe de sources de perturbation ;
- pour les eaux côtières de Guadeloupe, de préférence dans la matinée ;
- pour les eaux côtières de Guyane ;
- pour les eaux de La Réunion et de Mayotte, les périodes et les fréquences ainsi que les horaires et les niveaux sont adaptés. L'ensemble est décrit dans le fascicule cité en référence ;
- pour les lagunes méditerranéennes, de préférence dans la matinée ou en milieu de journée et hors période de vent ;
- pour les eaux de transition estuariennes, uniquement dans les estuaires non turbides, à pleine mer plus ou moins deux heures.

Mode de prélèvement et de conservation : eau brute prélevée à l'aide d'une bouteille de prélèvement de type Niskin (Daniel, 2009).
Indicateurs et paramètres :
L'indicateur phytoplancton (EQB) est composé de 3 indices :

- IB (indice de biomasse), calculé à partir de la concentration en chlorophylle-a du phytoplancton retenu par un filtre GF/F de 0.7 µm de maille ;
- IA (indice d'abondance), calculé comme un pourcentage de blooms acceptables sur la période de gestion (grilles). Ces blooms sont considérés éligibles si les abondances d'un taxon dépassant des seuils définis pour les fractions micro- et nanophytoplanctoniques selon la masse d'eau et la région étudiée. Ce sont donc, les identifications et dénombrements phytoplanctoniques qui serviront à bâtir l'indice IA. Le microscope optique est utilisé pour les fractions micro- et nanophytoplanctoniques, si ces dernières sont en colonie, ou par la méthode de cytométrie en flux pour le pico- et nanophytoplancton dans le cas des lagunes et eaux oligotrophes ;
- IC (indice de composition). Non défini encore par l'UE ni par les Etats membres. Il pourrait être calculé à partir des identifications et dénombrements phytoplanctoniques, mais présente l'inconvénient que la fraction picophytoplanctonique et une part du nanophytoplancton échappent à l'identification par microscopie optique. Une alternative a été présentée avec les pigments obtenus par chromatographie liquide (HPLC). Voir Lampert (2017).

Note. - Pour La Réunion et Mayotte, l'indicateur ne s'appuie que sur l'indice de biomasse. Des paramètres complémentaires sont acquis pour constituer une base de connaissances pour définir d'éventuels d'autres indices. Ils sont acquis sur des échantillons d'eau brute et de traits de filets et font appel à des analyses au microscope, en cytométrie en flux et pigmentaires par chromatographie liquide haute performance (HPLC).

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Historique des versions

Version 1

Cet avis annule et remplace l'avis (NOR : TREL2201737V) ayant le même objet publié au Journal officiel du 11 mai 2022.

Pour l'application de l'arrêté du 25 janvier 2010 modifié établissant le programme de surveillance de l'état des eaux en application de l'article R. 212-22 du code de l'environnement, et conformément à ses articles 4 et 7 et son annexe IV, les méthodes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons à utiliser sont les suivantes :

1. Pour les cours d'eau

1.1. Eléments biologiques

1.1.1. Phytoplancton

1.1.1.1. Méthode ou principes applicables en métropole

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme XP T90-719 Septembre 2017 : Qualité de l'eau - échantillonnage du phytoplancton dans les eaux intérieures.

Méthodes ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF EN 1524 Décembre 2006 : Qualité de l'eau - Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode Utermöhl) ;

- l'application de cette norme doit être complétée par la mise en œuvre des prescriptions du mode opératoire détaillées dans le chapitre « 5 - analyse du phytoplancton » du protocole standardisé d'échantillonnage, de conservation, d'observation et de dénombrement du phytoplancton en plan d'eau pour la mise en œuvre de la DCE en plan d'eau (version 3.3.1) (cf. paragraphe 2.1.1).

1.1.1.2. Méthode ou principes applicables en Guyane

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme XP T90-719 Septembre 2017 : Qualité de l'eau - échantillonnage du phytoplancton dans les eaux intérieures.

Méthodes ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF EN 1524 Décembre 2006. Qualité de l'eau - Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode Utermöhl) ;

- l'application de cette norme doit être complétée par la mise en œuvre des prescriptions du mode opératoire détaillées dans le chapitre « 5 - analyse du phytoplancton » du protocole standardisé d'échantillonnage, de conservation, d'observation et de dénombrement du phytoplancton en plan d'eau pour la mise en œuvre de la DCE en plan d'eau (version 3.3.1) (cf. paragraphe 2.1.1).

1.1.2. Phytobenthos : diatomées

1.1.2.1. Méthodes ou principes applicables en métropole

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-354 Avril 2016 : Qualité de l'eau - échantillonnage, traitement et analyse de diatomées benthiques en cours d'eau et canaux.

1.1.2.2. Méthodes ou principes applicables en Guadeloupe et en Martinique

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice diatomique Antillais (IDA).

1.1.2.3. Méthodes ou principes applicables à La Réunion

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice diatomique Réunion (IDR).

1.1.2.4. Méthodes ou principes applicables à Mayotte

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - les indices diatomées Mayotte IDM

sp

/IDM

trai

;

- norme NF T90-354 Avril 2016 : Qualité de l'eau - échantillonnage, traitement et analyse de diatomées benthiques en cours d'eau et canaux ;

- compte-tenu des spécificités de l'environnement tropical insulaire et du peuplement diatomique de Mayotte, des adaptations du protocole d'échantillonnage sont nécessaires (nature du support, surface à échantillonner…).

1.1.2.5. Méthodes ou principes applicables en Guyane

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- François Delmas, Anne Eulin, David Carayon, Sébastien Boutry, Julian Frédérick, et al. Guide pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer : L'indice diatomique de Guyane Française (IDGF). INRAE ; OFB, Office Français de la Biodiversité ; Office de l'eau Guyane ; Hydreco ; Préfecture de région Guyane. 2023. hal-04422356 ;

- norme NF T90-354 Avril 2016 : Qualité de l'eau - échantillonnage, traitement et analyse de diatomées benthiques en cours d'eau et canaux ;

- compte-tenu des spécificités de l'environnement tropical insulaire et du peuplement diatomique de Guyane, des adaptations du protocole d'échantillonnage sont nécessaires (nature du support, surface à échantillonner…).

1.1.3. Macrophytes : angiospermes, bryophytes ptéridophytes et macro-algues

La définition du protocole est uniquement applicable en métropole. Cet élément de qualité biologique est jugé non pertinent pour les DOM.

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-395 Octobre 2003 : Qualité de l'eau - détermination de l'indice biologique macrophytique en rivière (IBMR).

1.1.4. Faune benthique invertébrée

1.1.4.1. Méthodes ou principes applicables en métropole

Cas des cours d'eau peu profonds

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme française : NF T90-333 Septembre 2016 : Qualité de l'eau - Prélèvement des macro-invertébrés aquatiques en rivières peu profondes ;

- guide d'application : FD T90-733 Août 2017 Qualité de l'eau - Guide d'application de la norme NF T90-333 : 2016 ;

- guide d'application FD T90-734 « Aide à l'application de la NF T90-333 : 2016 (Prélèvement des macro-invertébrés aquatiques en rivières peu profondes), dans le millésime de sa première parution.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-388 Décembre 2020 : Qualité de l'eau - Analyse d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau, canaux et plans d'eau ;

- guide d'application : GA T90-788 Mars 2015 : Qualité de l'eau - Guide d'application de la norme expérimentale XP T90-388 (traitement au laboratoire d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau) (dans l'attente de la version révisée de ce guide suite à l'homologation de la norme NF T90-388 : 2020).

Cas des cours d'eau profonds et canaux

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme XP T90-337 Mars 2019 : Qualité de l'eau - Prélèvements des macro-invertébrés aquatiques en rivières profondes et canaux.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-388 Décembre 2020 : Qualité de l'eau - Analyse d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau, canaux et plans d'eau ;

- guide d'application : GA T90-788 Mars 2015 : Qualité de l'eau - Guide d'application de la norme expérimentale XP T90-388 (traitement au laboratoire d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau) (dans l'attente de la version révisée de ce guide suite à l'homologation de la norme XP T90-388 : 2020) ;

- norme NF T90-350 Mars 2004 : Qualité de l'eau - Détermination de l'indice biologique global normalisé (IBGN).

1.1.4.2. Méthodes ou principes applicables en Guadeloupe et en Martinique

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice biologique macro-invertébrés Antilles - (IBMA).

1.1.4.3. Méthodes ou principes applicables à La Réunion

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique de mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice Réunion macro-invertébrés - IRM (dès parution).

1.1.4.4. Méthodes ou principes applicables à Mayotte

Méthodes ou principes d'échantillonnage :

- Nathalie J Mary, Albin Meyer, Houviez Lucie, Gomez Livia, Usseglio-Polatera Philippe. Guide pour la mise en œuvre d'indices biologiques en Outre-Mer : L'indice invertébrés multimétrique I2M2-MAYOTTE. ETHYCO ; LIEC Université de Lorraine ; INRAE - EABX ; OFB, Office Français de la Biodiversité. 2023. hal-04369661 ;

- norme NF T90-333 Septembre 2016 : Qualité de l'eau - Prélèvement des macro-invertébrés aquatiques en rivières peu profondes ;

- protocole à adapter en fonction des spécificités de l'environnement étudié.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T 90-388 Décembre 2020 : Qualité de l'eau - Analyse d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau, canaux et plans d'eau ;

- protocole à adapter en fonction des spécificités des échantillons mahorais.

1.1.4.5. Méthodes ou principes applicables en Guyane

Méthode ou principe d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - Guyane-élément de qualité macroinvertébrés (dès parution).

1.1.5. Ichtyofaune (et macro-crustacés pour les DOM insulaires)

1.1.5.1. Méthodes ou principes applicables en métropole

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- partie échantillonnage de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier les chapitres 4, 6 et 7 de la norme.

Méthodes ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- niveau de détermination : espèce (réf. : Keith P., Persat H., Feunteun E., Allardi J. [coords], 2011. Les poissons d'eau douce de France. Biotope, Mèze ; Museum national d'histoire naturelle, Paris [collection Inventaires et biodiversité], 552 p.) ;

- biométrie - Partie analyse de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier le chapitre 8.1 de la norme ;

- norme NF T90-344 Juillet 2011 : Qualité de l'eau - Détermination de l'indice poisson rivière (IPR).

1.1.5.2. Méthodes ou principes applicables en Guadeloupe et Martinique

Dans l'attente de la finalisation du protocole de type « EPA » développé dans le cadre d'un projet de recherche, les protocoles d'échantillonnage et d'analyse compatibles DCE de métropole seront à adapter au mieux aux cas antillais.

Méthode ou principes d'échantillonnage recommandés :

- partie échantillonnage de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier les chapitres 4, 6 et 7 de la norme.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- biométrie - Partie analyse de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier le chapitre 8.1 de la norme.

1.1.5.3. Méthodes ou principes applicables à La Réunion

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice Réunion poissons - IRP (dès parution).

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- Keith, P., G. Marquet, P. Valade, P. Bosc, and E. Vigneux. 2006. Atlas des poissons et des crustacés d'eau douce des Comores, Mascareignes et Seychelles, Muséum national d'histoire naturelle, Paris, Collection Patrimoines Naturels, 65 p.

1.1.5.4. Méthodes ou principes applicables à Mayotte

Dans l'attente de la définition d'un indice de bioindication de la qualité de l'eau propre aux cours d'eau mahorais à partir des poissons, les protocoles d'échantillonnage et d'analyse compatibles DCE de métropole seront à adapter au mieux au cas mahorais.

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- partie échantillonnage de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier les chapitres 4, 6 et 7 de la norme.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- biométrie - Partie analyse de la norme XP T90-383 Mai 2008 : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier le chapitre 8.1 de la norme ;

- niveau de détermination : espèce (réf. : Keith P., Marquet G., Valade P., Bosc P., Vigneux E. 2006. Atlas des poissons et des crustacés d'eau douce des Comores, Mascareignes et Seychelles. Muséum national d'histoire naturelle, Paris. Patrimoines naturels, 250 p.).

1.1.5.6. Méthodes ou principes applicables en Guyane (poissons uniquement)

Guide méthodologique pour la mise en œuvre d'indices biologiques en outre-mer - l'indice poissons Guyane global - IPG-global (dès parution).

Niveau de détermination : espèce (réf. : Planquette, P., Keith, P., Le Bail, P.Y. - 1996 - Atlas des poissons d'eau douce de Guyane. Tome 1. Collection du patrimoine naturelle, Paris, 429p./Keith, P., Le Bail, P.Y., Planquette, P. - 2000 - Atlas des poissons d'eau douce de Guyane. Tome 2. Fascicule 1. Collection du patrimoine naturelle, Paris, 286p./Le Bail, P.Y., Keith, P., Planquette, P. - 2000 - Atlas des poissons d'eau douce de Guyane. Tome 2. Fascicule 2. Collection du patrimoine naturelle, Paris, 307 p.)

1.2. Eléments physico-chimiques et chimiques

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

Pour tous les paramètres, conformément au guide pour la demande de prestation d'échantillonnage et d'analyse physico-chimique dans le cadre de la surveillance DCE publié par le ministère de la Transition écologique et solidaire, dans sa version la plus récente.

En cas d'absence d'information sur une matrice ou des paramètres donnés, la réalisation des mesures (échantillonnage, traitement des échantillons, transport et analyse) s'appuiera, dans la mesure du possible, sur le guide des recommandations techniques d'Aquaref dans sa version la plus récente.

1.3. Eléments hydromorphologiques

1.3.1. Régime hydrologique

La surveillance peut être initiée en s'appuyant sur le référentiel de mesure des débits suivants :

- réseau de mesures national HYDRO ; ministère de l'environnement, de l'énergie et de la mer, 2017. Charte qualité de l'hydrométrie - Guide des bonnes pratiques. France, 83 p. ( https://www.eaufrance.fr/sites/default/files/documents/pdf/Schapi_Charte_hydro_P01-84_BasseDefinition_5Mo_.pdf.)

D'autres outils peuvent permettre de comprendre les régimes hydrologiques non influencés de certains sites où il n'existe pas de mesures :

- reconstitution des chroniques hydrologiques journalières - Méthode de simulation de débits en site non jaugé développée par l'Irstea ( http://carmen.carmencarto.fr/66/AFB_Reconstitution-chroniques-hydrologiques.map) et fichier d'avertissement sur les limites des reconstitutions à lire avant utilisation.

Des mises à jour régulières de la plateforme sont envisagées afin d'y intégrer les données les plus récentes.

1.3.2. Continuité de la rivière

La surveillance peut être initiée en s'appuyant sur l'exploitation du Référentiel des obstacles à l'écoulement (ROE) et la méthode de recueils d'Informations sur la continuité écologique (ICE), laquelle portent sur l'évaluation des continuités pour l'ichtyofaune et la carcinofaune à la montaison au niveau de chaque obstacle.

Le ROE permet de recenser les ouvrages faisant obstacles à l'écoulement des eaux et de calculer des indicateurs de pression liés à ces aménagements, notamment dans le cadre du dispositif PRHYMO (Plateforme Pressions et Risques d'impacts HYdroMOrphologiques).

La méthode ICE et ses déclinaisons par grand territoire (Hexagone, Guadeloupe, Guyane, La Réunion, Martinique, Mayotte) permettent d'évaluer les problématiques de montaison de l'ichtyofaune et de la carcinofaune par groupe d'espèces, et au niveau de chaque obstacle, suivant des classes de franchissabilité comprises entre 0 et 1. S'agissant de la dévalaison, au regard de la complexité des mécanismes biologiques et de la nécessité de disposer d'une bonne connaissance de l'hydrologie du cours d'eau, aucune méthode d'évaluation par un indicateur n'existe. ICE se propose toutefois de recueillir les éléments caractéristiques de l'ouvrage, indispensables à la consolidation de l'expertise pour l'appréhension de ces impacts.

Guides de référence :

Pour le Référentiel des Obstacles à l'Ecoulement (ROE)

- Sandre (2012). Présentation générale des données : Obstacles à l'écoulement (version 1.1). Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau, ministère de l'environnement. 80 pages ;

- Sandre (2014). Dictionnaire de données : Description des ouvrages faisant obstacle à l'écoulement (version : 1.2). Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau, ministère de l'environnement. 80 pages ;

- Sandre (2014). Scénario d'échanges de données géographiques : Diffusion du référentiel des obstacles à l'écoulement aux formats géographiques (version : 1.0). Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau, ministère de l'environnement. 34 pages.

Pour la méthode de recueil d'Informations sur la Continuité Ecologique (ICE)

- Baudoin J.M., Burgun V., Chanseau M. , Larinier M. , Ovidio M. , Sremski W., Steinbach P., Voegtlé B., 2014. Évaluer le franchissement des obstacles par les poissons. Principes et méthodes. Onema. 200 pages ;

- Burgun V., Chanseau M. , Kreutzenberger K. (Coord.), Marty V., Pénil C., Tual M. , Voegtlé B., 2015. ICE. Informations sur la continuité écologique. Protocole de terrain pour l'acquisition des données. Onema. Collection Guides et Protocoles, 84 pages ;

- Kreutzenberger K., Sagnes P., Valade P. et Voegtlé B., 2019. Evaluer le franchissement des obstacles par les poissons et les macro-crustacés dans les départements insulaires ultramarins. Principes et méthode. Agence française pour la biodiversité. Collection Comprendre pour agir. 176 pages ;

- Kreutzenberger K., Voegtlé B., Le Bail P-Y., Valade P., Sagnes P., 2026. Evaluer le franchissement des obstacles par les poissons et les macro-crustacés en Guyane. Principes et méthode. Office français de la biodiversité. Collection Comprendre pour agir. A paraître ;

- page d'accès libre aux ressources des programmes ROE et ICE : https://professionnels.ofb.fr/fr/node/387 ;

- page d'accès libre aux données validées du programme ROE : https://www.sandre.eaufrance.fr/atlas/srv/fre/catalog.search#/metadata/59057026-b40c-4cf9-9e3e-7296e0aa1a78 ;

- page d'accès restreinte au Géoréférenceur des ouvrages faisant obstacles à l'écoulement (GEOBS), renseignant les données brutes des programmes ROE et ICE : https://geobs.eaufrance.fr/

Pour la Plateforme Pressions et Risques d'impacts HYdroMOrphologiques (PRHYMO)

Rapport méthodologique

Grosprêtre L., Kreutzenberger K., 2024. Plateforme Pressions et Risques d'impacts HYdroMOrphologiques (PRHYMO) : rapport méthodologique. Dynamique hydro et Office français de la biodiversité, juin 2024.

Jeu de données

Grosprêtre L., Despres D., Ribot N., Valette L., Piffady J., Kreutzenberger K., 2024. Plateforme Pressions et Risques d'impacts HYdroMOrphologiques (PRHYMO) : données et résultats. Version 062024.1.2, juin 2024. Office français de la biodiversité - Dynamique hydro - Neogeo Technologies - Geospatial Solutions - Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement.

1.3.3. Conditions morphologiques

La méthode de Caractérisation de l'hydromorphologie des cours d'eau (CARHYCE) est mise en œuvre. Elle permet, par des mesures standardisées sur les cours d'eau, de reconstituer leurs morphologies, de calculer les paramètres de géométrie au jour d'acquisition et à plein bord mais aussi les paramètres relatifs à leur dynamique et à la diversité des formes du lit, ainsi que de caractériser les sédiments ou encore la ripisylve. Le traitement des données collectées par le protocole de terrain éponyme permet une estimation du niveau d'altération des paramètres de fonctionnement du cours d'eau au travers de différents indicateurs (IMG, IHC, indicateurs plus contextuels sur la structure de la ripisylve ou sur la composition des sédiments, etc.) (voir documents de référence ci-après).

Le déploiement du programme CARHYCE se fait essentiellement sur les cours d'eau prospectables à pied. Ce programme bénéficie depuis 2023 d'une extension en recherche et développement visant à produire d'ici 2027 une couverture élargie par la télédétection au maximum de linéaires hydrographiques pourvus d'une station DCE (programme TELHYMOC : Télédétection et automatisation de la surveillance et de l'évaluation hydromorphologiques DCE en association du référentiel d'analyse diagnostic CARHYCE ; OFB/CNRS (LGP-LADYSS)/Universités Paris 1 Panthéon-Sorbonne et Paris-Est Créteil).

En complément de CARHYCE, pour les stations du réseau de contrôle opérationnel, le protocole d'Audit rapide de l'hydromorphologie des cours d'eau (AURAH-CE) peut être mis en œuvre, afin d'affiner le diagnostic (voir annexe X de l'arrêté du 25 janvier 2010 modifié établissant le programme de surveillance de l'état des eaux). L'objet de ce protocole est de relever, de façon homogène, les pressions/altérations qui ne peuvent pas être détectées par l'analyse des grandes bases de données géographiques nationales (e.g., travaux de recalibrage ou de curage du lit mineur, présence de digues dans le lit majeur, présence de protections de berges, modification des successions naturelles de faciès d'écoulement, colmatage minéral du fond du lit, incision du lit mineur, etc.). Le protocole est basé sur une prospection des stations à pied, il est donc conseillé de ne pas l'appliquer sur les rivières trop larges/profondes. L'échantillonnage doit se limiter aux cours d'eau de rang de Strahler 4 ou inférieur. Même au sein de ces rivières, le jugement du caractère prospectable ou non de la station est laissé aux opérateurs de terrain, notamment en fonction des conditions hydrologiques. Il n'est pas envisageable de prospecter l'intégralité des cours d'eau du territoire national à pied. La démarche AURAH-CE repose donc sur un échantillonnage de stations aléatoirement réparties sur le linéaire de masses d'eau. Les pressions/altérations recueillies peuvent ensuite être extrapolées régionalement en fonction du contexte naturel (Hydroécorégion, type de cours d'eau) et anthropique (occupation du sol par exemple).

Guides et rapports de référence :

Pour la méthode de caractérisation de l'hydromorphologie des cours d'eau (CARHYCE)

- Baudoin J-M., Boutet-Berry L., Cagnant M., Gob F., Kreutzenberger K. (Coord.), Lamand J-M., Malavoi J-R., Marmonier P., Pénil C., Rivière C., Sadot M. , Tamisier V., Tual M. , 2017. Carhyce. Protocole de recueil de données hydromorphologiques à l'échelle de la station sur les cours d'eau prospectables à pied. Agence française pour la biodiversité, 52 pages ;

- Gob F., Bilodeau C., Thommeret N., Belliard J., Albert M-B., Tamisier V., Baudoin J-M., Kreutzenberger K., 2014. « Un outil de caractérisation hydromorphologique des cours d'eau pour l'application de la DCE en France (CARHYCE) », Géomorphologie : relief, processus, environnement, vol. 20 - n° 1 | 2014, 57-72 ;

- Gob F., Bilodeau C., Thommeret N., Tamisier V., Belliard J., Albert M. -B., 2015. Vers la construction d'indicateurs hydromorphologiques soutenant la biologie à partir de la base de données nationale CARHYCE. Rapport scientifique CNRS (LGP-LADYSS)/Université de Paris Panthéon-Sorbonne/ESGT/Irstea/AFB, 71 p ;

- Gob F., Thommeret N., Bilodeau C., Fraudin C. et Kreutzenberger K., 2021. Carhyce : Consolidation scientifique des connaissances et des modèles d'évaluation pour la caractérisation hydromorphologique des cours d'eau de métropole et d'Outre-mer. Rapport scientifique CNRS (LGP-LADYSS)/Université Paris 1 Panthéon Sorbonne/ESGT/OFB, 75 pages + annexes ;

- Gob F., Thommeret N., Guéguen J., Bilodeau C., Hamadouche P., Rivière R., Kreutzenberger K., 2025. Indicateur hydromorphologique résultant de la méthode Carhyce ou IHC : pour l'évaluation intégratrice et multiparamètres du fonctionnement physique des cours d'eau. Rapport scientifique et technique final, OFB/CNRS (LGP-LADYSS)/Universités Paris 1 Panthéon-Sorbonne et Paris-Est Créteil. A paraitre ;

- Sandre (2017). Processus d'acquisition des données hydromorphologiques des cours d'eau (version 1.0). Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau, Ministère de l'environnement. 47 pages ;

- Tamisier V., Gob F., Bilodeau C. et Thommeret N., 2017. Caractérisation hydromorphologique des cours d'eau français (Carhyce). Valorisation des données Carhyce pour la construction d'un outil d'aide à la gestion des cours d'eau. Rapport scientifique CNRS (LGP-LADYSS)/Université de Paris Panthéon-Sorbonne/ESGT/AFB, 142 p. ;

- Tamisier V., Raufaste S., Gob F., Thommeret N. et Bilodeau C., 2017. Caractérisation hydromorphologique des cours d'eau français d'outremer (Carhyce). Spécificités, modalités d'application et valorisation des données Carhyce pour la construction d'un outil d'aide à la gestion des cours d'eau. Rapport scientifique CNRS (LGP-LADYSS)/Université de Paris Panthéon-Sorbonne/ESGT/AFB, 128 p. ;

- page d'accès libre aux ressources du programme CARHYCE : https://professionnels.ofb.fr/fr/node/386 ;

- page d'accès restreinte aux données brutes du programme CARHYCE : https://carhyce.eaufrance.fr/ ;

- page d'accès libre à l'Interface d'exploitation des données CARHYCE (IED CARHYCE) : https://analytics.huma-num.fr/ied_carhyce/

Pour le protocole d'Audit rapide de l'hydromorphologie des cours d'eau (AURAH-CE)

- ONEMA 2013. Protocole d'audit rapide de l'hydromorphologie des cours d'eau (AURAH-CE). Guide, 46 p.

2. Pour les plans d'eau

2.1. Eléments biologiques

2.1.1. Phytoplancton

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme XP T90-719 Septembre 2017 : Qualité de l'eau - échantillonnage du phytoplancton dans les eaux intérieures.

Méthode ou principe de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF EN 1524 Décembre 2006. Qualité de l'eau - Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode Utermöhl) ;

- protocole standardisé d'échantillonnage, de conservation, d'observation et de dénombrement du phytoplancton en plan d'eau pour la mise en œuvre de la DCE en plan d'eau (version 3.3.1).

2.1.2. Macrophytes (angiospermes, macro-algues, bryophytes)

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme NF T90-328 Avril 2022 : Qualité de l'eau - Echantillonnage des communautés de macrophytes en plans d'eau ;

- guide d'application : FD T90-728 Septembre 2024 - Aide à l'application de la norme NF T90-328.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-328 Avril 2022 : Qualité de l'eau - Echantillonnage des communautés de macrophytes en plans d'eau ;

- guide d'application : FD T90-728 Septembre 2024 - Aide à l'application de la norme NF T90-328.

2.1.3. Faune benthique invertébrée

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

- Dedieu, N. & Verneaux, V. Indice Macroinvertébrés Lacustres (IML) - Guide technique - Notice d'application et de calcul - avril 2022 ;

- Dedieu, N. & Verneaux, V. Indice Macroinvertébrés Lacustres (IML) - Guide technique - Notice d'application et de calcul et annexes - avril 2022.

2.1.4. Ichtyofaune

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- norme NF EN 14757 Juillet 2015. Qualité de l'eau - échantillonnage des poissons à l'aide de filets maillants.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF EN 14757 Juillet 2015. Qualité de l'eau - échantillonnage des poissons à l'aide de filets maillants.

2.1.5. Diatomées

Méthode ou principes d'échantillonnage :

- INRAE, 2023. Echantillonnage des communautés de phytobenthos en plan d'eau, 7 p.

Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :

- norme NF T90-354 Avril 2016 : Qualité de l'eau - échantillonnage, traitement et analyse de diatomées benthiques en cours d'eau et canaux.

2.1.6. Cas des outre-mer

En outre-mer, à ce stade des connaissances, seule la méthodologie d'échantillonnage du phytoplancton est transposable. La fréquence de suivi préconisée dans la méthodologie reste à consolider. La pertinence des autres éléments de qualité biologique et de leurs protocoles d'échantillonnage devra être précisée. L'OFB proposera (en lien avec le pôle recherche et développement Écosystèmes lacustres (Écla) OFB-INRAE-Université Savoie-Mont-Blanc) une méthodologie d'acquisition de données afin de pouvoir qualifier le bon état ou le bon potentiel à dire d'expert.

2.2. Eléments physico-chimiques et chimiques

Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :

Pour tous les paramètres, conformément au guide pour la demande de prestation d'échantillonnage et d'analyse physico-chimique dans le cadre de la surveillance DCE publié par le ministère de la Transition écologique, dans sa version la plus récente.

En cas d'absence d'information sur une matrice ou des paramètres donnés, la réalisation des mesures (échantillonnage, traitement des échantillons, transport et analyse) s'appuiera, dans la mesure du possible, sur le guide des recommandations techniques d'Aquaref dans sa version la plus récente.

2.3. Eléments hydromorphologiques

2.3.1. Régime hydrologique

A ce jour, il n'existe pas de méthodes standardisées pour la surveillance des paramètres hydrologiques des plans d'eau. Ces données sont globalement déficitaires, ce qui engendre une surveillance et une évaluation incomplète des paramètres hydromorphologiques. Pour les écosystèmes dotés d'une gestion hydraulique contrôlée, il est a minima nécessaire de rechercher les chroniques disponibles (sur le plan de gestion considéré) auprès des gestionnaires locaux, en particulier pour :

- le suivi des variations de niveaux d'eau (amplitude et dynamique du marnage) ;

- le suivi des débits entrants et sortants (si dispositif de suivi existant).

Les données disponibles doivent être transmises sous format numérique au pôle recherche et développement Écosystèmes lacustres (Écla) OFB-INRAE-Université Savoie-Mont Blanc pour être bancarisées dans la base nationale plans d'eau.

2.3.2. Conditions morphologiques

Les protocoles développés et standardisés, à utiliser pour recueillir les données des réseaux de contrôle concernant les conditions morphologiques des plans d'eau sont listés ci-dessous. Ces méthodes sont applicables aux DOM.

ALBER = Protocole de terrain consacré à la caractérisation des altérations des berges des plans d'eau.

Norme NF T90-714 Août 2023 : Qualité de l'eau - Qualité des milieux - Caractérisation des altérations des berges de plans d'eau.

Guides de référence :

Reynaud et al., 2020. Protocole de recueil de données hydromorphologiques en plan d'eau. Rapport du pôle OFB-INRAE, 42 p. (ou toute version plus récente de ce guide).

CHARLI = Protocole de terrain consacré à la caractérisation des habitats des rives et du littoral des plans d'eau.

Norme NF T90-718 Août 2023 Qualité de l'eau - Qualité des milieux - Caractérisation des habitats des rives et du littoral des plans d'eau.

Guides de référence :

Reynaud et al., 2020. Protocole de recueil de données hydromorphologiques en plan d'eau. Rapport du pôle OFB-INRAE, 42 p. (ou toute version plus récente de ce guide).

BATHYMETRIE = Protocole de terrain d'analyse bathymétrique de la forme et des variations de profondeur du plan d'eau. La bathymétrie constitue une donnée initiale et doit être réactualisée dès lors que l'on se trouve dans des systèmes très évolutifs (facteurs naturels ou anthropiques). Cette caractéristique sera appréciée à dire d'expert par les directions régionales de l'OFB.

Guide de référence :

Alleaume et al., 2010. Bathymétrie des plans d'eau. Protocole d'échantillonnage et descripteurs morphométriques. Rapport du pôle ONEMA/CEMAGREF, 24 p.

SEDIMENTS = Protocole de terrain de caractérisation des sédiments des fonds lacustres par hydroacoustique. Le type et la répartition du substrat des fonds lacustres constituent une donnée qui pourra être initiée puis réactualisée dès lors que l'on se trouve dans des systèmes très évolutifs (facteurs naturels ou anthropiques générant une accélération des dépôts sédimentaires et le vieillissement prématuré des plans d'eau : apports de fines, eutrophisation, etc.). Cette caractéristique sera appréciée à dire d'expert par les directions régionales de l'OFB. Les relevés peuvent être réalisés de manière simultanée avec le protocole de relevé bathymétrique, dès lors que le matériel le permet.

Guides de référence :

Mouget et al., 2018. Caractérisation des fonds lacustres par hydroacoustique : Une nouvelle méthode opérationnelle pour la surveillance environnementale. Cahier des techniques de l'INRA, 92, 1-10.

Mouget et al., 2017. Protocole d'utilisation du système RoxAnn© pour la classification des fonds lacustres. Rapport INRA/Pôle AFB-Irstea, 49 p.

3. Pour les eaux littorales (1)

3.1. Eléments biologiques

3.1.1. Phytoplancton

Protocole d'échantillonnage

Localisation du prélèvement : le prélèvement est effectué en sub-surface (0-1m) et :

- pour les eaux côtières de Manche et d'Atlantique, de préférence en dehors de la zone estran, à pleine mer plus ou moins deux heures ;

- pour les eaux côtières de Méditerranée, de préférence dans la matinée ou en milieu de journée, et hors influence directe de sources de perturbation ;

- pour les eaux côtières de Guadeloupe, de préférence dans la matinée ;

- pour les eaux côtières de Guyane ;

- pour les eaux de La Réunion et de Mayotte, les périodes et les fréquences ainsi que les horaires et les niveaux sont adaptés. L'ensemble est décrit dans le fascicule cité en référence ;

- pour les lagunes méditerranéennes, de préférence dans la matinée ou en milieu de journée et hors période de vent ;

- pour les eaux de transition estuariennes, uniquement dans les estuaires non turbides, à pleine mer plus ou moins deux heures.

Mode de prélèvement et de conservation : eau brute prélevée à l'aide d'une bouteille de prélèvement de type Niskin (Daniel, 2009).

Indicateurs et paramètres :

L'indicateur phytoplancton (EQB) est composé de 3 indices :

- IB (indice de biomasse), calculé à partir de la concentration en chlorophylle-a du phytoplancton retenu par un filtre GF/F de 0.7 µm de maille ;

- IA (indice d'abondance), calculé comme un pourcentage de blooms acceptables sur la période de gestion (grilles). Ces blooms sont considérés éligibles si les abondances d'un taxon dépassant des seuils définis pour les fractions micro- et nanophytoplanctoniques selon la masse d'eau et la région étudiée. Ce sont donc, les identifications et dénombrements phytoplanctoniques qui serviront à bâtir l'indice IA. Le microscope optique est utilisé pour les fractions micro- et nanophytoplanctoniques, si ces dernières sont en colonie, ou par la méthode de cytométrie en flux pour le pico- et nanophytoplancton dans le cas des lagunes et eaux oligotrophes ;

- IC (indice de composition). Non défini encore par l'UE ni par les Etats membres. Il pourrait être calculé à partir des identifications et dénombrements phytoplanctoniques, mais présente l'inconvénient que la fraction picophytoplanctonique et une part du nanophytoplancton échappent à l'identification par microscopie optique. Une alternative a été présentée avec les pigments obtenus par chromatographie liquide (HPLC). Voir Lampert (2017).

Note. - Pour La Réunion et Mayotte, l'indicateur ne s'appuie que sur l'indice de biomasse. Des paramètres complémentaires sont acquis pour constituer une base de connaissances pour définir d'éventuels d'autres indices. Ils sont acquis sur des échantillons d'eau brute et de traits de filets et font appel à des analyses au microscope, en cytométrie en flux et pigmentaires par chromatographie liquide haute performance (HPLC).