Le président de la mission interministérielle est nommé par décret. Il est assisté d'un délégué nommé, sur sa proposition, par arrêté du Premier ministre.

Le président de la mission est rapporteur général du comité interministériel. Le délégué assiste également aux réunions de celui-ci.

Pour l'exercice de ses attributions, le président de la mission interministérielle dispose d'un comité permanent, dont il assure la présidence.