Les médecins habilités sont soumis aux obligations énoncées à l'article R. 791-4-2 du code de la santé publique.

Les médecins habilités établissent chaque année, dans le respect de l'anonymat dû aux médecins évalués, un rapport retraçant leur activité d'évaluation qu'ils transmettent aux sections constituant les unions.
Les sections constituant les unions transmettent annuellement à l'Agence nationale d'accréditation et d'évaluation en santé un rapport d'activité sur l'évaluation présentant l'ensemble des actions qu'elles ont menées et proposant toute mesure visant à l'amélioration des pratiques professionnelles, en particulier en ce qui concerne la formation médicale continue.