L'évaluation des pratiques professionnelles est menée à partir de guides d'évaluation professionnelle, élaborés ou validés par l'Agence nationale d'accréditation et d'évaluation en santé. Les guides d'évaluation permettent aux médecins qui le souhaitent de procéder à une auto-évaluation de leurs pratiques.
L'évaluation des pratiques professionnelles prend en compte les recommandations de bonne pratique, les référentiels de pratique et les références médicales, mentionnées à l'article L. 791-2 du code de la santé publique et à l'article L. 162-12-15 du code de la sécurité sociale, de l'Agence nationale d'accréditation et d'évaluation en santé et de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé.
Les sections constituant les unions assurent la diffusion des guides d'évaluation auprès des médecins concernés relevant de leur compétence.