Le président établit chaque année, après consultation du conseil d'orientation, un programme d'action de la mission.
Dans les mêmes formes, il élabore un rapport annuel d'activité qui est transmis au Premier ministre et est rendu public. Ce rapport recense les agissements des sectes qui ont été portés à la connaissance de la mission et dont elle estime qu'ils sont contraires à la dignité de la personne humaine ou constituent une menace pour les libertés publiques.