Le directeur général est nommé par décret sur proposition conjointe du ministre chargé de l'équipement et du ministre chargé de la recherche. Ses fonctions, d'une durée de trois ans, sont renouvelables.
Le directeur général assure la direction de l'établissement et en fixe l'organisation.
Il est assisté par un directeur scientifique, un directeur des programmes, et un secrétaire général. Le secrétaire général assiste le directeur général pour la gestion administrative et financière de l'établissement.
Le directeur général a autorité sur l'ensemble des personnels ; il définit leurs attributions.
Il nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination.
Il représente l'organisme en justice et dans tous les actes de la vie civile.
Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution.
Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.
Il peut déléguer sa signature. Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs au secrétaire général, au directeur scientifique, au directeur des programmes et à d'autres agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité, un groupement ou un service commun avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.