Les frais de déplacement et de séjour des membres du conseil de direction ou des conseils spécialisés de l'office ainsi que des personnalités qualifiées sont remboursés aux conditions et selon les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements des personnels civils de l'Etat.
Le président du conseil de direction reçoit une indemnité de fonction dont le montant est fixé conjointement par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture et le ministre chargé du budget.