Le président du conseil de direction est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture, sur la proposition du conseil de direction et après avis du Conseil supérieur d'orientation des politiques halieutique, aquacole et halio-alimentaire. Son mandat prend fin en même temps que celui des membres du conseil de direction consulté pour sa nomination.
Lorsqu'un membre du conseil de direction est nommé président de ce conseil, il est considéré comme démissionnaire de son mandat de membre à compter de cette nomination.
En cas de vacance du poste de président ou d'empêchement de celui-ci, la présidence du conseil est assurée par l'un des représentants du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture.