Le secrétaire d'Etat à la coopération gère les missions permanentes de coopération et d'action culturelle qui sont sous l'autorité de l'ambassadeur. Il propose, en accord avec le ministre des affaires étrangères, la nomination des chefs de mission de coopération et d'action culturelle.

Il correspond directement avec les ambassadeurs auprès des Etats bénéficiant de l'aide française au développement et leur adresse des instructions pour les affaires de sa compétence. Cette correspondance est communiquée au ministre des affaires étrangères.