Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat à la santé dispose de la direction générale de la santé, de la direction des hôpitaux et, en tant que de besoin, des autres directions et services placés sous l'autorité du ministre de l'emploi et de la solidarité, notamment la direction de la sécurité sociale, la direction de l'administration générale, du personnel et du budget et le service de l'information et de la communication, ainsi que l'inspection générale des affaires sociales.

Pour l'exercice de ses attributions, il dispose en outre de la mission interministérielle de lutte contre la drogue et la toxicomanie.