Le programme annuel de travail de l'institut est préparé en liaison avec l'ensemble des directions du ministère chargé de l'éducation nationale. Il prend en compte les demandes du ministre chargé de l'éducation nationale et celles émanant des autres départements ministériels concernés par les problèmes d'éducation. Il est arrêté par le président de l'institut, après consultation du conseil d'orientation.

Chaque année, le président de l'institut informe le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche et le Conseil supérieur de l'éducation sur le bilan d'activité et le programme de travail de l'organisme. A cette occasion, le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche et le Conseil supérieur de l'éducation peuvent émettre des voeux sur les thèmes des sessions et des cycles.