Pour l'accomplissement de leur mission le président et les membres des commissions particulières ont droit au remboursement, sur justificatifs, des frais qu'ils ont engagés ainsi qu'à une indemnité. Ces frais et indemnité sont à la charge du maître d'ouvrage.

Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement, du budget et de la fonction publique précise la nature des frais à prendre en compte et les modalités de calcul de l'indemnité.

Le président de la commission nationale fixe, dans chaque cas, le montant de l'indemnité allouée et, le cas échéant, de l'allocation provisionnelle accordée. Cette décision est notifiée au maître d'ouvrage et aux membres concernés des commissions particulières.