Le compte financier, arrêté au 31 décembre de chaque année, est visé par le chef d'établissement qui certifie que le montant des ordres de dépenses et de recettes est conforme à ses écritures.
Avant l'expiration du sixième mois suivant la clôture de l'exercice, il est transmis, sous couvert du chef du service de l'enseignement, au commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne.
Il est adressé par l'agent comptable avant l'expiration du huitième mois suivant la clôture de l'exercice au payeur général de France en Allemagne, afin d'être soumis au contrôle juridictionnel de la Cour des comptes.
Le comptable du Trésor auprès de l'ambassade de France en Allemagne est compétent pour arrêter les comptes de chaque établissement dès lors que le montant des recettes ordinaires de l'exercice, y compris les subventions, est inférieur à 20 millions de francs. Dans le cas contraire, il met le compte des établissements en état d'examen et les transmet, pour jugement, à la Cour des comptes.