Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat à la santé et à la sécurité sociale dispose, sous l'autorité du ministre du travail et des affaires sociales, de la direction générale de la santé, de la direction des hôpitaux, de la direction de la sécurité sociale, de la direction de l'action sociale et de la délégation générale à la lutte contre la drogue et la toxicomanie.
Pour l'exercice de ses attributions, il fait appel, en tant que de besoin, aux autres directions et services placés sous l'autorité du ministre du travail et des affaires sociales ainsi qu'à l'inspection générale des affaires sociales. Il peut, par délégation du ministre du travail et des affaires sociales, assurer la présidence de la Commission des comptes de la sécurité sociale.