La direction de l'institut universitaire professionnalisé est assurée par un directeur. Celui-ci est désigné dans les conditions prévues aux articles 24 et suivants de la loi du 26 janvier 1984 susvisée. Lorsque l'institut n'est pas une composante de l'établissement, le directeur est nommé par le chef d'établissement parmi les professeurs des universités ou les maîtres de conférences.

Le directeur de l'institut universitaire professionnalisé est assisté d'un conseil de perfectionnement chargé notamment du suivi des formations. Ce conseil est composé, à parité, d'enseignants-chercheurs ou d'enseignants, d'une part, de personnalités qualifiées en raison de leur activité professionnelle, d'autre part. Le chef d'établissement désigne le président de ce conseil parmi les personnalités qualifiées.