Le directeur assume la direction et la gestion de l'établissement. Il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par le présent décret, notamment :

• il représente l'établissement en justice et dans toutes ses relations juridiques ;
• il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration auquel il rend compte de sa gestion ;
• il prépare et exécute le budget de l'établissement ;
• il est ordonnateur des dépenses et des recettes de l'établissement ;
• il a autorisé sur l'ensemble des personnels administratifs, techniciens, ouvriers et de service de l'établissement, et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;
• il conclut les contrats et conventions sous réserve de l'approbation du conseil d'administration. Les contrats s'entendent des conventions visées à l'article 1er du présent décret et de tous autres accords, notamment avec l'Ecole nationale de la santé publique et avec l'Institut national de la santé et de la recherche médicale ;
• il a compétence exclusive pour le maintien de l'ordre au sein de l'établissement ;
• il constitue les jurys d'examens et répartit les services d'enseignement ;
• il est chargé des opérations électorales.

Le directeur peut déléguer sa signature au secrétaire général et à des agents de l'institut dont la liste est fixée par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
Le directeur est assisté d'un secrétaire général nommé sur sa proposition par le ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Le conseil d'administration détermine la politique de l'établissement. Notamment :

• il vote le budget, les décisions budgétaires modificatives et les comptes, à la majorité absolue de ses membres en exercice ;
• il approuve, dans les mêmes conditions, les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ainsi que les dons et legs ;
• il approuve les contrats conclus par le directeur, et notamment les contrats pluriannuels conclus avec le ministère chargé de l'enseignement supérieur. Il autorise le directeur à ester en justice ;
• il vote le règlement intérieur ainsi qu'il est dit à l'article 1er ci-dessus ;
• il approuve le rapport annuel d'activité préparé par le directeur ;
• il approuve les programmes d'activité de recherche et de formation de l'institut ;
• il approuve les projets de diplômes et autorise les demandes d'habilitations faisant l'objet des conventions visées à l'article 1er ci-dessus du présent décret ;
• il peut créer toutes commissions dont il détermine la composition et définit les missions.

Les modalités de fonctionnement de ces commissions sont fixées par le règlement intérieur.

Le conseil scientifique donne obligatoirement son avis sur les créations d'emplois, sur la politique de recherche de l'établissement, et notamment sur les contrats auxquels cette politique donne lieu ainsi que sur la structure des diplômes auxquels prépare l'établissement. Il propose la répartition des crédits de recherche au conseil d'administration qui ne peut modifier cette proposition que par une décision spécialement motivée.
Le conseil consultatif des enseignants donne son avis sur les projets de diplômes. Il peut être consulté ou formuler des voeux sur tout problème de pédagogie et de recherche.