La répartition des sièges entre la catégorie des équipages et salariés des entreprises de pêche maritime armant un ou plusieurs navires titulaires d'un rôle d'équipage de pêche, la catégorie des salariés des entreprises de pêche maritime à pied et la catégorie des salariés des élevages marins est fixée par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines sur la base des effectifs de ces catégories constatés par les listes électorales établies par application de l'article 4 de la loi du 2 mai 1991 susvisée. Toutefois, chacune de ces catégories doit disposer d'au moins 3 sièges à l'assemblée.
La répartition des sièges, à l'intérieur de chacune de ces catégories, entre les différentes organisations syndicales ou professionnelles est effectuée à la représentation proportionnelle au plus fort reste en fonction des voix obtenues aux élections organisées dans les comités locaux ou les comités régionaux et globalisées au niveau national.
Celles de ces organisations ayant obtenu un ou plusieurs sièges désignent leurs représentants.