Le conseil se réunit au moins quatre fois dans l'année, sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour.
Le conseil est également convoqué soit à la demande du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil se réunit de droit dans un délai d'au moins une semaine. Les délibérations sont alors acquises à la majorité des membres présents ou représentés.
Le ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines est obligatoirement informé de toutes les réunions du conseil, auxquelles il peut participer ou se faire représenter, et dont les délibérations lui sont transmises.