Le commissaire du Gouvernement est nommé par le ministre chargé de l'éducation nationale. Il assiste aux séances de toutes les instances de délibération du groupement.

Il a communication de tous les documents relatifs au groupement et dispose d'un droit de visite des locaux appartenant au groupement ou mis à sa disposition.

Il peut opposer un veto suspensif de quinze jours aux décisions qui mettent en jeu l'existence ou le bon fonctionnement du groupement ou qui ne seraient pas conformes aux orientations de la politique nationale ou académique en matière d'éducation permanente.

Pendant ce délai, l'autorité qui a pris la décision procède à un nouvel examen. Le commissaire du Gouvernement informe les administrations dont relèvent les membres du groupement.