Le président du conseil interétablissements représente le groupement auprès des différents partenaires. Il veille à l'exécution des décisions du conseil. Il convoque le conseil du groupement et préside ses séances. Il anime l'action du groupement.

Le conseil interétablissements peut proposer au recteur la désignation d'un fonctionnaire ou agent de catégorie A chargé de la direction technique du groupement.