En application du premier alinéa du III de l'article 47 susmentionné, la commission d'indemnisation est chargée, d'une part, de se prononcer sur les demandes d'indemnisation, d'autre part, d'administrer ce fonds.
Elle est présidée par le président du fonds, président de chambre ou conseiller à la Cour de cassation, en activité ou honoraire, qui est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie, des finances et du budget, du garde des sceaux, ministre de la justice, du ministre des affaires sociales et de l'intégration et du ministre chargé de la santé.
La commission d'indemnisation comprend en outre quatre membres nommés par arrêté conjoint des mêmes ministres :
1. Un membre du Conseil d'Etat ;
2. Un membre de l'inspection générale des affaires sociales ;
3. Un médecin membre ou ancien membre du Conseil national du syndrome de l'immunodéficience acquise ;
4. Une personnalité qualifiée dans le domaine de la santé.
Le président et les membres de la commission ont chacun un suppléant nommé dans les mêmes conditions ; ils sont nommés, ainsi que les suppléants, pour une période de trois ans renouvelable.
En cas de vacance, un remplaçant est nommé dans les mêmes conditions que son prédécesseur pour la durée du mandat restant à courir.