L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'éducation nationale, après avis du directeur de l'institut. Dans les mêmes conditions, des agents comptables secondaires peuvent être nommés. Sur décision du directeur de l'institut, l'agent comptable peut exercer les fonctions de chef des services financiers de l'établissement.