La commission nationale est présidée par le directeur de l'agence. Elle comprend :

le directeur des affaires générales, internationales et de coopération au ministère de l'éducation nationale ou son représentant ;

le directeur général des relations culturelles, scientifiques et techniques du ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

le directeur de l'administration générale du ministère de la coopération et du développement ou son représentant ;

un inspecteur général de l'éducation nationale, désigné par le ministre de l'éducation nationale ;

l'inspecteur général des affaires étrangères ou son représentant ;

le directeur des Français à l'étranger et des étrangers en France au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;

deux sénateurs représentant les Français établis hors de France ;

deux membres du Conseil supérieur des Français de l'étranger ;

trois représentants des organisations syndicales représentatives des personnels enseignants français ;

quatre représentants des associations de parents d'élèves ;

deux représentants des organismes gestionnaires d'établissements scolaires français à l'étranger ;

deux représentants des associations de Français à l'étranger.

Le service des bourses de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est chargé de l'organisation et du secrétariat de la commission nationale.