Le directeur général de l'institut est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé de l'environnement. Il représente l'établissement dans tous les actes de la vie civile.
Il prépare les réunions du conseil d'administration, met en oeuvre ses décisions et lui rend compte de l'exécution de ces décisions.
Il exerce la direction des services de l'institut et a, à ce titre, autorité sur le personnel.
Dans le cadre des règles définies par le conseil d'administration, il a notamment qualité pour :
1° Liquider et ordonnancer les recettes et les dépenses ;
2° Déterminer l'emploi des fonds disponibles et le placement des réserves et procéder aux acquisitions, aliénations et transferts de valeurs ;
3° Décider les prises et cessions à bail de biens immobiliers lorsque la durée du bail n'est pas supérieure à trois ans ;
4° Approuver les marchés de travaux et de fournitures dans les limites fixées par le conseil d'administration et passer au nom de l'établissement tous actes, contrats et marchés ;
5° Prendre toutes mesures conservatoires, exercer toutes actions en justice et conclure toutes transactions ;
6° Engager, gérer et licencier les agents de l'établissement.
Le directeur général peut déléguer sa signature.