L'agent comptable de l'établissement Antoine-Koenigswarter est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'action sociale.

En matière comptable et budgétaire, l'établissement est soumis aux dispositions de la section I du chapitre II du titre Ier du livre III du code de l'action sociale et des familles.

Par dérogation aux dispositions de l'article R. 314-240 de ce code, l'agence régionale de santé de Bourgogne Franche-Comté est compétente pour approuver l'état des prévisions de recettes et de dépenses de l'établissement.

Sous réserve des dispositions du premier alinéa, l'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.