La commission nationale, présidée par un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur, est composée de délégués des organisations nationales représentatives des électeurs ainsi que d'assesseurs désignés parmi les personnels du ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche. Après l'enregistrement des listes de candidats, la commission s'adjoint, le cas échéant, de nouveaux délégués pour assurer la représentation de chacune des listes en présence.
La régularité des élections peut être contestée par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ainsi que par tout électeur, devant le tribunal administratif de Paris, dans le délai de huit jours francs qui suivent la publication des résultats.
Des arrêtés du ministre chargé de l'enseignement supérieur fixent les modalités d'organisation ainsi que la date des élections et précisent la composition et les attributions de la commission nationale.