Dès sa constitution dans les établissements d'hospitalisation publics, le comité choisit en son sein parmi les médecins et les pharmaciens hospitaliers un président et un vice-président, appelé à le suppléer en cas d'absence, élus à la majorité simple de ses membres désignés. Leur mandat est renouvelable. Le renouvellement est effectué à l'occasion de celui des mandats des membres de la commission médicale d'établissement et les deux instances siègent pendant une durée identique.
En dehors des séances du comité, qui ne peuvent être inférieures à trois par an, le président assure le rôle de coordonnateur dans le domaine de la lutte contre les infections au sein de l'établissement et veille à l'harmonisation des actions de prévention qui pourraient être engagées à l'égard des personnels par le comité d'hygiène et de sécurité et des conditions de travail.
Le président du comité est en outre chargé de la mise en oeuvre du programme de saisie des informations relatives aux infections nosocomiales dont il contrôle la transmission et assure l'exploitation.
Dans les établissements d'hospitalisation publics ne comptant qu'un seul service, le rôle de coordonnateur est assuré par le président du comité qui peut être assisté d'un collaborateur de son choix ou d'un infirmier affecté à l'établissement.
Le secrétariat des travaux du comité est assuré à la diligence du directeur de l'établissement.