Le directeur gère le service sous l'autorité du président de l'université de rattachement. Par désignation de celui-ci, il exécute le budget propre du service en qualité d'ordonnateur secondaire. Il est consulté, et peut être entendu sur sa demande, par les instances délibérantes des établissements associés au service sur toute question concernant la protection de la santé des étudiants.