La commission spéciale se fait transmettre le dossier de première instance dès qu'elle est saisie de l'appel. Au cours de l'instruction, qui est écrite et contradictoire, la commission peut demander au redevable ou aux bénéficiaires des sommes dont l'exonération est sollicitée de lui fournir tous documents susceptibles de l'éclairer sur la solution du litige et en rapport avec celui-ci. Les intéressés sont tenus d'accéder à ces demandes dans un délai de deux mois.