Le conseil scientifique arrête le programme d'enseignement et de recherche ainsi que la répartition des crédits d'enseignement et de recherche prévus au budget. Il donne un avis sur les projets de conventions de recherche avec d'autres établissements d'enseignement supérieur ou organismes de recherche français et étrangers.

Il exerce les compétences attribuées à l'assemblée des professeurs et au conseil de perfectionnement par l'article 1er du décret du 22 avril 1884 relatif aux vacances de chaires à l'Ecole nationale des chartes. Dans ce cas, le conseil siège en formation restreinte aux membres mentionnés aux 1° et 2° de l'article 12 ci-dessus.