Pendant leur première année de fonctions, les assistants des hôpitaux peuvent, sur leur demande et sous réserve de l'avis favorable du praticien hospitalier exerçant les fonctions de chef de service, être mis en congé sans rémunération dans la limite de trente jours par an, en vue d'assurer des remplacements de praticiens exerçant soit dans les établissements d'hospitalisation publics ou privés, soit en clientèle de ville.
A partir de la deuxième année de fonctions, les assistants des hôpitaux peuvent, sur leur demande et sous réserve de l'avis mentionné à l'alinéa précédent, être mis en congé sans rémunération dans la limite de quarante-cinq jours par an en vue d'exercer une activité hors de leur établissement d'affectation.
La durée des congés accordés en application des deux alinéas ci-dessus est prise en compte dans le calcul de l'ancienneté des assistants des hôpitaux.

Les assistants recrutés en application des dispositions des articles 2 et 2-1 du présent décret et qui exercent leurs fonctions à temps plein ont droit à un congé de formation dont la durée est fixée à quinze jours ouvrables par an. Lorsqu'ils exercent leurs fonctions à temps partiel, la durée de ce congé est fixée à douze demi-journées ouvrables par an.
Les droits à congé de formation au titre de deux années peuvent être cumulés.
Un arrêté du ministre chargé de la santé précise les conditions d'exercice du droit à congé de formation.
Pendant ce congé, les assistants continuent à percevoir les émoluments mentionnés au 1° de l'article 11 ci-dessus à la charge de l'établissement dont ils relèvent.
En ce qui concerne les assistants mentionnés à l'article 2, la durée des congés prévus aux premier et deuxième alinéas de l'article 12 ainsi qu'au premier alinéa du présent article est prise en considération dans la durée des services effectifs permettant d'accéder au titre d'ancien assistant spécialiste des hôpitaux ou d'ancien assistant généraliste des hôpitaux prévu à l'article 26.

Les assistants des hôpitaux ont droit :
1° A un congé annuel de vingt-cinq jours ouvrés ;
2° A un congé accordé au titre de la réduction du temps de travail dans les conditions définies par le décret n° 2002-1244 du 7 octobre 2002 ;
3° A des jours de récupération des périodes de temps de travail additionnel, des astreintes et des déplacements dans le cadre des astreintes lorsqu'ils n'ont pas fait l'objet d'une indemnisation.
Les assistants exerçant leur activité à temps partiel bénéficient des droits à congé définis aux 1° et 2° ci-dessus au prorata de la durée de leurs obligations de service hebdomadaires.
Pendant les congés et jours de récupération mentionnés aux 1°, 2° et 3° du présent article, les assistants perçoivent la rémunération mentionnée au 1° de l'article 11.
La durée des congés mentionnés ci-dessus pouvant être pris en une seule fois ne peut excéder trente et un jours consécutifs.
Le directeur de l'établissement arrête le tableau des congés et des jours de récupération prévus aux 1°, 2° et 3° après avis du chef de service ou de département.
L'assistant peut ouvrir un compte épargne-temps, prévu par le décret n° 2002-1358 du 18 novembre 2002, dont la durée ne peut toutefois excéder cinq années et y verser les jours mentionnés au 3° ci-dessus, dans les conditions et limites définies par ce décret.

Les assistants recrutés en application des articles 2 et 2-1 ci-dessus ont droit à des autorisations spéciales d'absence dans les cas et conditions ci-après :
4 jours ouvrables pour le mariage de l'assistant ;
2 jours ouvrables en cas de décès du conjoint, d'un enfant, du père ou de la mère ;.

Les assistants des hôpitaux bénéficient d'un congé de maternité ou d'adoption ou de paternité d'une durée égale à celle prévue par la législation de la sécurité sociale pendant lequel ils perçoivent la rémunération mentionnée au 1° de l'article 11 du présent décret. Si, à l'expiration du congé de maternité, l'intéressée ne peut reprendre ses fonctions en raison d'une maladie survenue au cours de ce congé, le point de départ du congé de maladie auquel elle a droit est la date de l'acte médical qui a constaté cette maladie.

Les assistants des hôpitaux en congé de maladie perçoivent pendant les trois premiers mois de ce congé les deux tiers de la rémunération mentionnée au 1° de l'article 11 du présent décret et la moitié de celle-ci pendant les six mois suivants. Un congé sans rémunération de douze mois au maximum peut être accordé, sur sa demande, après avis du comité mentionné à l'article 36 du décret du 24 février 1984 susvisé, à l'assistant qui ne peut, à l'expiration de ses droits à congé de maladie, reprendre ses activités pour raison de santé. Si le comité estime qu'à l'issue de ce congé de douze mois l'intéressé ne peut reprendre ses fonctions, il est mis fin à celles-ci.

L'assistant des hôpitaux atteint d'une affection dûment constatée le mettant dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions, qui rend nécessaires un traitement et des soins prolongés et qui figure sur la liste établie en application de l'article 28 du décret du 14 mars 1986 susvisé, a droit à un congé de longue maladie d'une durée maximale de trente mois par périodes ne pouvant excéder six mois. L'intéressé perçoit les deux tiers de ses émoluments pendant six mois, et le tiers pendant les vingt-quatre mois suivants. Si à l'issue du congé de longue maladie l'intéressé ne peut reprendre ses fonctions, il est mis fin à celles-ci.

L'assistant des hôpitaux reconnu atteint de tuberculose, de maladie mentale, d'affection cancéreuse ou de poliomyélite par le comité médical mentionné à l'article 15, et empêché d'exercer ses fonctions, est placé en congé de longue durée pour une durée maximale de dix-huit mois par périodes ne pouvant excéder six mois. Dans cette position, il perçoit les deux tiers de ses émoluments. Si à l'issue de ce congé il ne peut reprendre ses activités, il lui est accordé sur sa demande un congé sans rémunération d'une durée maximale de dix-huit mois. Si à l'issue de ce dernier congé il ne peut reprendre ses fonctions, il est mis fin à celles-ci.

En cas de maladie ou d'accident imputable à l'exercice de fonctions ou en cas de maladie contractée ou d'accident survenu à l'occasion de l'exercice de ses fonctions, l'assistant bénéficie, après avis du comité médical mentionné à l'article 15, d'un congé d'une durée maximale de douze mois pendant lequel il perçoit la totalité de la rémunération mentionnée au 1° de l'article 11.
A l'issue d'une période de douze mois de congé, l'intéressé est examiné par le comité mentionné à l'article 15 qui propose, soit la reprise de l'activité, soit la prolongation du congé avec maintien des deux tiers de la rémunération mentionnée au 1° de l'article 11, par périodes ne pouvant excéder six mois et dans la limite d'une durée totale de vingt-quatre mois, soit la cessation des fonctions.

Les assistants sont affiliés au régime général de la sécurité sociale. L'établissement qui assure la rémunération de l'assistant des hôpitaux est subrogé dans les droits de l'intéressé aux prestations en espèces de la sécurité sociale, dans les conditions prévues aux articles R. 323-11 et R. 433-12 du code de la sécurité sociale.

En application de l'article 1er du décret du 23 décembre 1970 susvisé, les assistants des hôpitaux bénéficient du régime de retraite géré par l'institution de retraite complémentaire des agents non titulaires de l'Etat et des collectivités publiques. L'assiette de cotisations est fixée par arrêté des ministres chargés du budget, de la santé et de la sécurité sociale.