Le conseil est saisi par le recteur de l'académie lorsqu'il est appelé à exercer les compétences mentionnées à l'article 2 de la loi n° 85-1469 du 31 décembre 1985. Le conseil est saisi par l'intéressé lorsqu'il est appelé à exercer la compétence mentionnée au deuxième alinéa de l'article 3 de la loi n° 85-1469 du 31 décembre 1985.
Le recteur de l'académie désigne un rapporteur parmi les membres du conseil. Lorsque l'affaire est en état, le recteur de l'académie l'inscrit au rôle de la prochaine session du conseil, et fixe le jour où elle sera appelée en séance. Il y convoque l'intéressé, en l'informant qu'il pourra se faire assister par un défenseur et prendre connaissance du dossier. Le délai de convocation ne peut être inférieur à quinze jours ; le rapport doit être à la disposition de l'intéressé huit jours au moins avant le jour fixé pour la délibération.
Lorsque le conseil est appelé à statuer sur l'opposition à l'ouverture d'établissements d'enseignement privés, la date de la séance retenue pour le jugement intervient dans le mois qui suit la notification de l'opposition.
Sont seuls présents pendant la première partie de la séance, outre les membres du conseil, l'intéressé et éventuellement son défenseur et les témoins. Après que la personne en cause et éventuellement son défenseur ont été invités à présenter leurs observations, le conseil délibère en secret.
Lorsque le conseil statue dans les matières mentionnées aux 1°, 2°, 3° et 4° de l'article 2 de la loi n° 85-1469 du 31 décembre 1985, le délai d'appel est de deux mois à compter du jour où l'intéressé a reçu notification de la décision. Lorsque le conseil statue dans la matière mentionnée au 5° de l'article 2 de la loi n° 85-1469 du 31 décembre 1985, le délai d'appel est de quinze jours.