Les dépenses de fonctionnement du service annexe d'hébergement - y compris, dans les établissements d'éducation spéciale, l'achat du trousseau des élèves - sont entièrement supportées par les familles et par l'Etat.
L'Etat a en totalité la charge de la rémunération des personnels de direction, de gestion et d'éducation du service d'hébergement, sauf les charges résultant de l'emploi des maîtres d'internat au pair. La rémunération des personnels soignants, ouvriers et de service est partagée entre l'Etat et les familles, sauf dans les établissements d'éducation spéciale où cette charge incombe à l'Etat en totalité. Le ministre de l'éducation nationale fixe chaque année par arrêté la participation que les familles apportent à ce titre pour chaque élève interne et demi-pensionnaire.
Il est créé dans chaque académie un fonds chargé d'assurer le financement des rémunérations versées aux personnels d'internat et de demi-pension des établissements publics du second degré. La gestion de ce fonds est confiée à un établissement public local d'enseignement désigné par le recteur.