A la suite de la vérification effectuée par un comité d'examen des comptes, la Cour des comptes peut procéder à une seconde vérification des comptes et de la gestion des organismes de sécurité sociale :
1° Soit d'office ou sur réquisition du procureur général près la Cour des comptes ;
2° Soit à la demande du président du conseil d'administration de l'organisme intéressé ou de la majorité des membres du conseil d'administration ;
3° Soit à la demande du directeur de l'organisme contrôlé, lorsque les faits relevés au cours de la première vérification le concernant sont de nature à provoquer la saisine de la Cour de discipline budgétaire et financière dans les conditions prévues par le livre III du code des juridictions financières ;
4° Soit à la demande de l'agent comptable, lorsque sa responsabilité peut être mise en cause en raison de faits relevés par le comité d'examen des comptes au cours de la première vérification.
En cas de seconde vérification, la Cour des comptes informe le ministre de tutelle compétent de sa décision.
Les ministres de tutelle compétents statuent sur l'approbation des comptes qui ont fait l'objet d'une seconde vérification, au vu de l'avis motivé émis sur les comptes et des observations formulées sur la gestion par la Cour des comptes.