Chaque association agréée de pêche et de pisciculture, ou groupement de ces associations, d'au moins 50 membres actifs peut présenter à l'élection au conseil d'administration de la fédération deux candidats, jouissant de leurs droits électoraux, ou trois candidats pour les associations d'au moins 5000 membres actifs. A défaut de quinze candidatures, chaque association ou groupement d'associations peut présenter un candidat supplémentaire.
Les candidats au conseil d'administration de la fédération et, le cas échéant, les délégués non présidents et leurs suppléants sont élus par l'assemblée générale des membres actifs de leur association. Les membres actifs s'entendent des personnes ayant acquitté la cotisation statutaire complète de l'année précédant l'élection.
L'élection du conseil d'administration de la fédération a lieu, à bulletins secrets et sous le contrôle du commissaire de la République, lors du huitième mois précédant la date d'expiration des baux de pêche consentis par l'Etat sur le domaine public. Les administrateurs élus sont les quinze candidats ayant réuni le plus de suffrages.
Il est procédé à une élection complémentaire lorsque le nombre d'administrateurs est devenu inférieur à douze avant les six derniers mois de l'expiration du mandat. Le mandat des administrateurs ainsi élus expire à l'échéance normale.