Le directeur de l'Ecole française d'Athènes est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé des universités, après avis du conseil d'administration de l'école, sur présentation de deux listes de deux noms au moins, et de trois noms au plus, établies l'une par l'Académie des inscriptions et belles-lettres, l'autre par une commission constituée de membres du Conseil supérieur des universités, et dont la composition est définie par arrêté du ministre chargé des universités. Les personnes proposées doivent relever des disciplines correspondant aux missions de l'école et appartenir au corps des professeurs d'université ou à des catégories de personnels assimilés, dans les conditions prévues à l'article 5 du décret n° 83-299 du 13 avril 1983 relatif au Conseil supérieur des universités.

Le mandat du directeur est de cinq ans. Le directeur ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.