Pour l'exécution de l'état prévisionnel des recettes et des dépenses de l'office, les décisions portant affectation de crédits pour les interventions à effectuer, ou fixant les règles de ces interventions, sont préparées par le directeur de l'office.
Le conseil de direction délibère sur les projets de décision.
Les décisions sont ensuite arrêtées par le ministre chargé de l'agriculture. La décision est prise conjointement par le ministre chargé de l'agriculture, le ministre chargé de l'économie et des finances, le ministre chargé du budget et le ministre chargé des départements d'outre-mer à la demande de l'un des représentants de ces ministres au conseil de direction.
Lorsqu'un projet ayant fait l'objet d'un avis favorable d'un conseil n'a pas donné lieu à une décision dans un délai de quinze jours, il en est rendu compte à la plus prochaine séance du conseil.